IPA打分计算方法介绍.pdf

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2017-06-04 发布于未知
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Ingenuity Pathway Analysis 打分计算方法介绍上海康昱盛信息科技有限公司沈诚频 2014/6/18 Sample Assay Technologies IPA中的几种打分算法 IPA 在core analysis中计算如下打分指标： Consistency 分析类型 P-value (FET)* Z-score Score Functions Analysis Downstream Effects Analysis Canonical Pathway Analysis Upstream Regulators Analysis Network Analysis Regulator Effects *在分析工具中，p-values 和z-scores 都会有不同的计算值 2 Sample Assay Technologies IPA 计算两类统计数值 P-value 和 Z-score  P-value: – 基于 Right-Tailed Fisher’s Exact Test 算法 – 体现您实验中一组有意义的分子和已知的过程/通路/转录之间的关联是否来自于随机匹配 – p-value不考虑分子作用于另一个分子的效应或也不考虑数据集中分子的变化倍数。  Z-score: – 应用于某些分析类型并提供上游或下游过程的预测结果 – 考虑一个分子作用于另一个分子的方向效应或数据集中分子变化倍数对生物学过程产生的效应 3 Sample Assay Technologies 以功能“Neoplasia”为例的P-Value计算过程芯片数据包含 260 13,101个基因过滤出表映射到neoplasia 达量有变实验样本 260/747= 0.348 化的所有 IPA 基因 747 个显著差异表达的基因 487 芯片上所有基因、实验显著差异基因分别与neoplasia数据集的比 3005 个基因映射到值是否具有统计差异? neoplasia 没有映射到 neoplasia 3005/13,101= 0.231