黄瓜多样性固定核心样本集的构建与评价.PDF

植物遗传资源学报２０１６ꎬ１７(３):４０４￣４１５ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｌａｎｔ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ＤＯＩ:１０.１３４３０/ ｊ.ｃｎｋｉ.ｊｐｇｒ.２０１６.０３.００２ 黄瓜多样性固定核心样本集的构建与评价 张　 微ꎬ李斯更ꎬ沈　 镝ꎬ李锡香 (中国农业科学院蔬菜花卉研究所/ 农业部蔬菜作物基因资源与种质创制北京科学观测实验站ꎬ北京 １０００８１) 　 　 摘要:利用１４９对具有多态性的ＩｎＤｅｌ 引物对４７３份黄瓜初选核心种质自交系进行遗传多样性分析ꎮ 采用３种方法１２种 取样比例对该初级遗传多样性固定群体进行抽样获得候选多样性固定核心样本集(ＧＤＦＣＣ)ꎬ使用等位基因数(Ｎａ)、有效等 位基因数(Ｎｅ)、Ｓｈａｎｎｏｎ′ｓ信息指数(Ｉ)、基因多样性指数(ｇｅｎｅ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ)、多态性信息含量(ＰＩＣ)、总等位位点数(ｔｏｔａｌ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｌｏｃｉ)、等位位点保留百分率(ｒｅｔｅｎｔｉｏｎ ｒａｔｅ ｏｆ ｌｏｃｉ)评价候选多样性固定核心样本集的多样性和代表性ꎬ结果表明ꎬ采用逐级 聚类＋稀有基因优先取样法并按照１５％取样比例构建出的多样性固定核心样本集的效果较好ꎮ 比较发现ꎬ该核心样本集的 Ｎｅ、Ｉ、基因多样性指数和ＰＩＣ值均接近或高于初级遗传多样性固定群体ꎬ且对原始群体的等位位点的保留百分率为９９６８％ꎮ 入选多样性固定核心样本集的材料来自１５ 个国家和国内１８个省市ꎮ 该研究为今后黄瓜优异基因资源的挖掘利用提供了代 表性强、覆盖度广、遗传稳定的研究群体ꎬ将有利于黄瓜种质资源的高效研究利用ꎮ 关键词:黄瓜ꎻＩｎＤｅｌ标记ꎻ核心种质ꎻ遗传多样性固定群体ꎻ遗传多样性 Ｅｓｔａｂｌｉｓｈｍｅｎｔ ａｎｄ Ａｎａｌｙｓｅｓ ｏｆ ａ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｄｉｘｅｄ Ｃｏｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｕｃｕｍｂｅｒ(Ｃｕｃｕｍｉｓ ｓａｔｉｖｕｓ Ｌ. ) ＺＨＡＮＧ ＷｅｉꎬＬＩ Ｓｉ￣ｇｅｎｇꎬＳＨＥＮ ＤｉꎬＬＩ Ｘｉ￣ｘｉａｎｇ (Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｖｅｇｅｔａｂｌｅｓ ａｎｄ ＦｌｏｗｅｒｓꎬＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ/ Ｂｅｉｊｉｎｇ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｓｔａｔｉｏｎ ｏｆ Ｖｅｇｅｔａｂｌｅ Ｃｒｏｐ Ｇｅｎｅ Ｒｅｓｏｕｒｃｅ ＆ Ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ＥｎｈａｎｃｅｍｅｎｔꎬＭｉｎｉｓｔｒｙ ｏｆ ＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅꎬＢｅｉｊｉｎｇ １０００８１) Ａｂｓｔｒａｃｔ:Ｉｎ ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙꎬ１４９ ｐａｉｒｓ ｏｆ ＩｎＤｅｌ ｐｒｉｍｅｒｓ ｗｅｒｅ ｕｓｅｄ ｔｏ ａｎａｌｙｚｅ ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ ４７３ ｉｎｂｒｅｄ ｌｉｎｅｓ ｏｆ ａｐｒｉｍａｒｙｃｏｒｅｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎｉｎｃｕｃｕｍｂｅｒ.Ｔｈｒｅｅｍｅｔｈｏｄｓｗｉｔｈｔｗｅｌｖｅｓａｍｐｌｉｎｇｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎｓｗｅｒｅａｐｐｌｉｅｄｔｏｓａｍ￣ ｐｌｅ ｔｈｅ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｆｉｘｅｄ ｃｏｒｅ ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎｓ(ＧＤＦＣＣ)ꎬｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ａｌｌｅｌｅｓ(Ｎａ)ꎬｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ａｌ￣ ｌｅｌｅｓ(Ｎｅ)ꎬＳｈａｎｎｏｎ′ｓ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｉｎｄｅｘ(Ｉ)ꎬｇｅｎｅ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙꎬｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｃｏｎｔｅｎｔ(ＰＩＣ)ꎬｔｏｔａｌ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｌｏｃｉ ａｎｄ ｒｅｔｅｎｔｉｏｎｒａｔｅｏｆｌｏｃｉｗｅｒｅｕｓｅｄｔｏｔｅｓｔｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ａｎｄｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｖｅｎｅｓｓｏｆｔｈｅｃａｎｄｉｄａｔｅ ＧＤＦＣＣｓ.Ｔｈｅｒｅ￣ ｓｕｌｔｓ ｉｎｄｉｃａｔｅｄｔｈａｔｔｈｅｍｅｔｈｏｄｏｆ ｓｔｅｐｗｉｓｅｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇｐｌｕｓｒａｒｅｇｅｎｅｓｐｒｅｆｅｒｒｅｄ ｓａｍｐｌｉｎｇｗｉｔｈ １５％ ｓａｍｐｌｉｎｇｐｒｏｐｏｒ￣ ｔｉｏｎ ｗａｓ ｍｏｒｅ ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｆｏｒ ｔｈｅ ＧＤＦＣＣ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ.Ｂｙ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎꎬＮｅꎬＩꎬｇｅｎｅ ｄｉｖｅｒｓｉｔ