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黄瓜多样性固定核心样本集的构建与评价
植物遗传资源学报2016ꎬ17(3):404 ̄415
Journal of Plant Genetic Resources DOI:10.13430/ j.cnki.jpgr.2016.03.002
黄瓜多样性固定核心样本集的构建与评价
张 微ꎬ李斯更ꎬ沈 镝ꎬ李锡香
(中国农业科学院蔬菜花卉研究所/ 农业部蔬菜作物基因资源与种质创制北京科学观测实验站ꎬ北京 100081)
摘要:利用149对具有多态性的InDel 引物对473份黄瓜初选核心种质自交系进行遗传多样性分析ꎮ 采用3种方法12种
取样比例对该初级遗传多样性固定群体进行抽样获得候选多样性固定核心样本集(GDFCC)ꎬ使用等位基因数(Na)、有效等
位基因数(Ne)、Shannon′s信息指数(I)、基因多样性指数(gene diversity)、多态性信息含量(PIC)、总等位位点数(total number
of loci)、等位位点保留百分率(retention rate of loci)评价候选多样性固定核心样本集的多样性和代表性ꎬ结果表明ꎬ采用逐级
聚类+稀有基因优先取样法并按照15%取样比例构建出的多样性固定核心样本集的效果较好ꎮ 比较发现ꎬ该核心样本集的
Ne、I、基因多样性指数和PIC值均接近或高于初级遗传多样性固定群体ꎬ且对原始群体的等位位点的保留百分率为9968%ꎮ
入选多样性固定核心样本集的材料来自15 个国家和国内18个省市ꎮ 该研究为今后黄瓜优异基因资源的挖掘利用提供了代
表性强、覆盖度广、遗传稳定的研究群体ꎬ将有利于黄瓜种质资源的高效研究利用ꎮ
关键词:黄瓜ꎻInDel标记ꎻ核心种质ꎻ遗传多样性固定群体ꎻ遗传多样性
Establishment and Analyses of a Genetic Diversity Dixed Core
Collection of Cucumber(Cucumis sativus L. )
ZHANG WeiꎬLI Si ̄gengꎬSHEN DiꎬLI Xi ̄xiang
(Institute of Vegetables and FlowersꎬChineseAcademy of Agricultural Sciences/ Beijing Research Station of Vegetable Crop
Gene Resource & Germplasm EnhancementꎬMinistry of AgricultureꎬBeijing 100081)
Abstract:In this studyꎬ149 pairs of InDel primers were used to analyze the genetic diversity of 473 inbred
lines of aprimarycorecollectionincucumber.Threemethodswithtwelvesamplingproportionswereappliedtosam ̄
ple the candidate genetic diversity fixed core collections(GDFCC)ꎬnumber of alleles(Na)ꎬnumber of effective al ̄
leles(Ne)ꎬShannon′s information index(I)ꎬgene diversityꎬpolymorphism information content(PIC)ꎬtotal number
of loci and retentionrateoflociwereusedtotestdiversity andrepresentativenessofthecandidate GDFCCs.There ̄
sults indicatedthatthemethodof stepwiseclusteringplusraregenespreferred samplingwith 15% samplingpropor ̄
tion was more efficient for the GDFCC construction.By comparisonꎬNeꎬIꎬgene diversit
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