生物信息基础-序列分析.pdf

生物信息基础 第四章 序列分析 内容提要 • 序列的相似性 • 两序列比对 • 多序列比对 • 在数据库有哪些信誉好的足球投注网站同源序列 • 序列拼接与组装 2 序列 比较 • 序列比较的根本任务是： –发现序列之间的相似性 –辨别序列之间的差异 • 目的： - 相似序列  相似的结构，相似的功能 - 判别序列之间的同源性, 推测序列之间的进化关系 3 第一节 序列的相似性 4 同源与相似 – 同源（homology）: 具有共同的祖先 • 直向同源（Orthologous ） • 共生同源（paralogous ） – 相似（similarity）:有程度的差别。 • 同源序列一般是相似的 • 相似序列不一定是同源的 • 进化趋同（同功能）：相似性可能由随机因素产生 5 直向同源序列：来自于不同种属的的同源序列，例如物种I中的a1基 因与物种II中的a1基因。 共生同源序列：来自于同一种属的序列，由进化过程中的序列复制 而产生，例如同一物种I中的a1基因与a2基因 a Gene Duplication a1 a2 Speciation a1 a2 a1 a2 Species I Species II 6 序列的相似性描述 – 定性的描述 – 定量的数值 • 相似度 • 距离 7  序列比较的基本操作是比对（Alignment ） 两个序列的比对是指这两个序列中各个字符的一种 一一对应关系，或字符的对比排列；是一种关于序 列相似性的定性描述。  最优比对揭示两条序列的最大相似程度，指出序列 之间的根本差异。 设有两个序列： GACGGATTAG，GATCGGAATAG Alignment1: GACGGATTAG GATCGGAATAG Alignment2: GA CGGATTAG GATCGGAATAG 8 1、字母表和