Autodock分子对接2015中文版.pdf

Autodock-Win版分子对接教程 BioMS BioMS BBiiooMMSS版主：南工大-未央 � 软件介绍 � 软件安装与对接 � 结果分析 考虑到原来的中文版本的指导说明已经有关于autodock软件的 介绍，因此就在此不对软件进行介绍。关于软件的了解，大家可参考 ，这个版本在Bioms论坛有大 家可自己下载(/thread-457-1-3.html)。建议大家 和(Autodock分子对接-中文)这个版本一起看。我自己也是一个初学 者，和前辈的比较着好学点。 � 软件的下载与安装（win系统) � 软件的下载与安装（win系统) �� 软软件件的的下下载载与与安安装装（（wwiinn系系统统)) Autodock4.2软件大家可以直接在其官网下载 （/downloads）直接安装 Mgltools1.5.6即可。autodock软件的运行环境是英文环境，因此不 论安装在哪个盘，名字都要是英文的，即： 其中C盘必须改名，要是安装在D盘，D盘也要修改名字，还有 就是所有的安装路径文件及将来做对接的文件命名也必须是英文的。 � 配体与受体的准备 � 配体与受体的准备 �� 配配体体与与受受体体的的准准备备 受体（receptor） 受体（receptor） 受受体体（（rreecceeppttoorr））即酶分子或者其他蛋白分子，可直接从PDB 数据库下载其PDB文件（/pdb/home/home.do） 依南极假丝酵母脂肪酶B（CandidaantarcticaLipase B）为例 打开后可直接在此处下载 当我们下载完pdb文件后，就要对文件进行处理，包括去除水，加氢， 计算点电荷，最后保存为pdbqt 文件。 运行autodock软件，file-read molecule打开下载的pdb文件，即 1TCA.pdb。其中红点表示水分子。 删除水分子 删除水分子 删删除除水水分分子子select - select from string 在residue中输入 HOH*，在ATOM中输入*并单击Add 如下：其中水分子变为黄色，然 后edit - delete - delete selected atom 点击continue 加氢 加氢 加加氢氢 edit - hydrogens - add 如下：点击ok就行，有图为加氢后 的结果。 计算点电荷 计算点电荷 计计算算点点电电荷荷 edit - charges - compute gasteiger 点击确定。 若是做刚性对接，添加原子类型，直接 file - save 选择保存为 1TCA.pdbqt文件，备用。 原子类型添加如下： 若是做柔性对接，则要做如下操作： 请参考 即论坛已经上传的。 � 配体的准备 � 配体的准备 �� 配配体体的的准准备备 做不同的对接，配体大都要自己画，因此Chemoffier3D来画。 并进行MM能量优化，保存为ASD.pdb文件。 运行autodock软件，ligand - input - open打开配体ASD.pdb 分子,做如下处理：加氢，添加电荷，添加原子类型，保存为pdbqt 文件。 加氢 加氢 加加氢氢 当打开配体分子后会出现如下对话框：点击确定就行。 � ADT检测Ligand分子是否已经加了电荷，如果没有，则自动加上 Gasteiger电荷。需要注意的是：如果要使Gasteiger计算正确， 就必须将Ligand上的所有H加上，包括极性的以及非极性的。如果 电荷全部为0，则ADT会试图加上电荷。同时还将检测每个残基上 的总电荷是否为整数。 � � �� ADT检测并合并非极性H。 � � �� ADT将Ligand中每个原子指定为“AutoDock原子类型”。 表示该分子32个键中有7个可旋转的。其中红色表示不可旋转的键， 绿色表示可旋转键，紫色表示不可扭转，通常为肽键。如要把C7与 C8之间的键设置为不可扭转，只需要按住shift，用鼠标点击相应的