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第六章Xcalibur定性浏览器
1双击图标,进入Xcalibur工作站
2点击(QualBrowser图标)进入定性浏览器
3快捷图标解释如下:
4提取不同质荷比离子的提取离子流
点击图标打开数据文件,调出色谱图,点击右上角图钉激活窗口(激活窗口后图
钉为绿色),鼠标右键选择Ranges,见下图:
出现如下ChromatogramRanges对话框后,在Scanfilter选项,下拉选择要提取的离子通
道;将Plottype改为MassRange,在Range(s)中输入要提取的离子的质荷比;
点击“OK”,即可提取该质荷比的离子(默认的偏差容忍度为500mmu)的提取离子流,如
下图。
如果是高分辨质谱,如QExactive,LTQObitrap,Fusion等系列仪器做提取离子流时
可将质荷比的偏差容忍度调至ppm,操作如下:
在数据图谱中任何位置点击鼠标右键选择Ranges,在对话框中选择Automaticprocessing,
在Masstolerance中设置质量精度(一般设置为5ppm);Massprecision中设置显示小数点后
位数(一般设置为5),如下图所示:
对谱图做平滑处理:调出想要的色谱图,鼠标右键选择Ranges,在ChromatogramRanges
对话框中选择Automaticprocessing,在Smoothing中的Enable打钩,Type中选择Boxcar
或Gaussian(两种不同的平滑方式),Points中输入平滑点数(1~15之内的奇数),即可对色
谱图进行平滑处理。
5在一个cell中显示多个RawFile的色谱图。
点击色谱图右上角图钉激活,鼠标右键选择Ranges出现如下对话框,点击红色圈内的
图标,选择另外一个样品图谱进行比较;如需比较多个,勾选图中“”标识,继续添加需比
较样品即可;
但是每个cell最多只能显示8个通道,如需同时查看更多的数据谱图,可点击下图中标
识,横向或竖向添加cell,然后再按照上述方法添加数据文件即可。
6扣除背景
(1)选取原图上某段时间的扫描作为背景进行扣除
打开数据文件,调出质谱图,激活质谱图右上角图钉,鼠标右键选择SubtractSpectra,
选择一段(1Range)或者两段(2Ranges)时间扫描的谱图进行扣除;
在对应的总离子流谱图背景区域内拖动鼠标左键选取时间范围背景,释放鼠标按键即可
得到扣除所选时间范围背景质谱图;
(2)选取一个基质空白作为背景进行背景扣除
点击菜单栏Tools下BackgroundSubtract,
弹出如下窗口:在Input/File中添加待扣除背景的样品数据,在Background/File中添加
作为背景的空白基质数据,Output/Name中为扣除基质空白之后样品的名称(不可修改),
Folder是扣除背景后数据的保存路径(可修改),Scope中可以选择扣除整个空白基质数据
或扣除某一时间点的数据。
7建立和使用Layout文件
(1)建立Layout文件
可以利用Layout文件保存当前数据窗口内的窗格、布局以及谱图的显示及其处理方法,
点击菜单栏File/Layout/Saveas,会弹出对话框,选择保存路径并命名即可保存Layout文件。
(2)使用Layout文件
打开一张谱图后,点击菜单栏File/Layout/Apply,会弹出对话框,选择要应用的Layout
文件,点击Open,即可应用Layout文件。
8显示积分峰面积及信噪比信息
打开数据文件,对色谱图进行积分:
(1)自动积分
点击快捷图标,只对cell中呈灰色选中窗口的谱图进行积分。
或者,同时对所激活cell中的所有谱图进行积分。
(2)手动积分
打开色谱图,点击激活按钮,选重待积分谱图(选中后呈灰色),点击快捷图标,
点击鼠标左键从色谱峰开始处拖动至积分结尾处即可;
对谱图进行积分之后,点击鼠标右键DisplayOptions/Labels,选择Area
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