以mzXML格式文件搭建中药色谱质谱联用数据的MATLAB分析平台.pdfVIP

南京中医药大学学报2010年9月第26卷第5期 No．5Sept．2010 30URNALOFNtL^JJINGTCMUNIVERSITYVd．26 以mzXML格式文件搭建中药色谱质谱联用数据的 MATLAB分析平台 姚卫峰，刘卉，陈汀，张丽。，丁安伟 (南京中医药大学药学院，江苏南京210046) 摘要：目的 解决当前色谱质谱联用仪器生产厂商的工作站输出数据格式不一致以及工作站本身信息处理和评价能力 Proteomic 有限的问题。方法利用Trans Pipeline先将不同厂商的色谱质谱联用数据转变成mzXML格式文件，然后 通过MATI。AB软件进行mzXMI。的读取，三维数据的可视化，和有价值信息的发掘。结果MATLAB提供了质谱图 匹配、色谱图匹配的功能函数以及多种数据分析方法。结论MATLAB分析平台方便研究人员对于不同来源数据的重 复利用和共享。 关键词：mzXML；MATLAB,色谱质谱联用；数据处理 中图号：0657．3 文献标志码：A 文章编号：1000—5005I2010)05—0396一02 目前，色谱质谱联用技术已经广泛用于分析 化学r1。、生命科学‘21和天然药物‘31等各个研究领 域，对各种样品进行定性定量分析。较新的色谱 格式为例，介绍具体的步骤： 质谱联用仪器大多都带有功能强大的计算机软件 处理系统，在该软件系统中能方便地处理色谱质 File 谱联用数据，但其生成的文件格式因不是通用的 Format中选择所要转 页Ⅻ图1)，在Input Di— 文件格式，移植性差，一般不能被别的软件识别。 换的数据文件格式，本文选择Waters．raw rectories； mzXML是美国系统生物学研究所、Insilicos to convert 等公司发布的基于XML，用于交换质谱数据的文 (2)在SpecifyDirectory(ies)to file choose 件格式，有开放性、可扩展性及灵活性等特 mzXML中点击AddFiles，在Please Proteomic 点[4引。本文采用Trans Pipeline (TPP)软件方便地将不同工作站的色谱质谱联用件夹下拟转换为mzXML的RAW文件，然后点 数据文件传换成mzXML格式的储存形式，并介击select选择这些文件； 绍了mzXML文件在MATLAB软件中读取、可(3)在ConversionOptions中可以选择是否 视化的方法。 将mzXML压缩，该操作可以方便较大数据文件 1 mzXML文件的转换 的存储，节省计算机硬盘空间； 不同厂商色谱质谱联用的数据文件采用 (4)上述操作完成后，在Convert!中点击 to Tran