芽孢杆菌系统多相分类及应用研究进展.docVIP

芽孢杆菌系统分类及应用研究进展 刘国红１,林乃铨2,高云超1,林营志1,刘波1* （1福建省农业科学院生物技术研究所 福州 350003；2福建农林大学生防所 福州 350002） 摘 要：芽孢杆菌属的分类研究最初是根据形态学特征培养特征及生理生化特征等表观分类学指证。随着多相分类方法的广泛应用，化学分类和分子分类在芽孢杆菌属的分类学研究中起到越来越重要的作用。不少芽孢杆菌应用到工业农业医学上，对人类社会做出了巨大贡献。 关键词：芽孢杆菌；多相分类；应用 中图分类号： 文献标识码： 文章编号： 1引言 早在1835年，Ehrenberg就发现并命名了枯草芽孢杆菌Vibrio. subtilis。1872年，德国植物学家Cohn建立了第一个细菌分类系统，根据细菌的形态特征命名了芽孢杆菌属(Bacillus)，并将枯草芽孢杆菌重命名为Bacillus. subtilis。起初芽孢杆菌属的种类很少，随着技术研究方法的改进发展，越来越多的种被发现，尤其是70年代的分子分类法和80年代的化学分类法的应用，种的数量增多，分类地位确定的也越来越准确。根据2004年出版的第九版《伯杰氏细菌系统手册》，芽孢杆菌属已有85个种?，分离出的有61个种，其中2004年至今发现的新种有49个，见表1。芽孢杆菌工业、农业、医学方面有重要的作用。 (提供各版《伯杰氏细菌系统手册》芽孢杆菌的数量) 传统的芽孢杆菌分类主要依据其形态学特征，现在则大多采用多相分类法，即将形态(生理生化)、化学(脂肪酸分析)、分子(DNA碱基分析、DNA同源性分析，16S rRNA测序)等分类方法相结合，并根据所得数据做聚类分析，得出的结果相对比较准确。现已有11个属从芽孢杆菌属中分出(见化学分类)。 2芽孢杆菌系统分类方法 2.1传统分类(classic taxonomy) 芽孢杆菌，菌体杆状，直或近直，0.3～2.2×2.1～7.0 (m；多数运动；鞭毛典型侧生；形成抗热内生孢子；严格好氧或兼性厌氧。 芽孢杆菌属的建立就是根据形态特征确立的，开始发现的种由于实验条件的限制都是仅以形态特征进行分类。Gibson和Gorden依据芽孢的形状(卵形或球形)以及它们在菌体或芽孢囊中的位置，提出芽孢形态群体概念，将芽孢杆菌分为三个类群：1)包括了枯草芽孢杆菌以及其它一些具有同菌体宽度相同的卵形芽孢杆菌；2)包括多粘芽孢杆菌等具有比菌体宽度大的卵形芽孢；3)包括球形芽孢杆菌等产生球形芽孢杆菌的种类。由于这个种的分离方法是以群体来划分的，它对分类鉴定是非常有用的。 表1 2004年至今发现的芽胞杆菌新种 Table1 时间 Year 种名 Species 2007 B. lehensis 2006 B. safensis B. seohaeanensis B. macauensis B. salarius B. infantis B. okhensis B. idriensis B. aerius B. koreensis B. aerophilus B. taeanensis B. stratosphericus B. panaciterrae B. altitudinis B. tequilensis B. massiliensi 2005 B. arenosis B. arvi B. humi B. saliphilus B. velezensis B. patagoniensis B. cibi B. bogoriensis B. oshimensis B. litoralis B. herbersteinensis B. muralis B. acidicola B. wakoensis B. bemicellulosilyticus B. cellulosilyticus B. akjbal B. mannanilyticus B. ruris B. arsenicus B. alveayuensis B. axarquiensis B. malacitensis 2004 B. farraginis B. furtis B. fordii B. indicus B. hwajinpoensis B. gelatini B. asahii B. vietnamensis B. macyae 2.2数值分类(numerical taxonomy) Haloalkaliphilus[3]。 Ibrahim M Banat等对B. pallidus进行16SrRNA测序构建系统发育树分析得出其