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山猪群体遗传结构的RAPD分析1 1 1 2 伍革民 ，许晓风 ，章熙霞 1.南京师范大学生命科学学院，江苏南京 (210097) 2 江苏省南京市畜牧家禽科学研究所，江苏南京 (210036) E-mail:wgmabcdef@263.net 摘要：应用 RAPD 标记技术，对山猪群体内遗传结构情况进行分析。利用经过筛选的 14 条引物，在 36 个山猪样本内共扩增出 105 条带，其中多态性带 57 条，多态性带频率平 均为 54.29%。根据 RAPD扩增结果，计算该群体内个体间平均遗传相似系数为 0.903，群体 内平均最低杂合度为 0.311。结果表明，山猪群体内遗传分化程度较低，遗传变异较小，认 为应加快开展该品种的保护研究工作。 关键词：RAPD；山猪；群体遗传结构 中图分类号：S828 1. 引言 山猪是江苏省一个很有发展潜力的地方猪品种，具有瘦肉率高、肉质优良、产仔数多、 体质好、抗病抗逆性强、耐粗饲等许多优良特性，其主要缺点是生长较缓慢、屠宰率偏低。 近十几年来，由于受到引进猪种和杂交猪种的推广冲击，山猪的生存空间在急剧缩小，养 殖数量在急剧下降，现存数量已不足 300 头。90 年代以后，山猪这一特色地方猪品种几乎 成了一个被遗忘的角落，国内对山猪的研究几乎处于停滞状态。为防止山猪品种资源灭绝， 及其重要优良基因丢失，及时开展山猪保种研究工作的任务紧迫。鉴于蛋白质或DNA分子 变异的遗传标记可为研究品种遗传结构提供重要信息[1] 。随机扩增多态DNA （Random amplified polymorphic DNA，RAPD ）标记的检测具有简单易行、快速、无需了解基因组情 况、能鉴别任何种类DNA 中的多态性等优点[2]，在动植物品种遗传结构分析中应用广泛。 本实验应用筛选出的 14 个随机引物，分析山猪品种的群体遗传结构，为山猪品种的保护和 利用研究提供参考。 2. 系统介绍 2．1 材料与方法 2．1．1 猪的来源 1 本课题得到高等学校博士学科点专项科研基金资助课题（编号：20050319009）资助 实验用 36 个山猪的血液样本随机采集于南京市附近农户家，采样时注意避免样本系 来自同一母猪的后代。 2 ．1．2 多态性引物筛选及 PCR 反应条件 从南京生兴生物公司的 8 套试剂盒中随机抽取 60 个引物，以 10 个样本组成 DNA 池， 筛选出扩增带数在 4 个以上的引物 14 个应用于本实验。 采用BIO-RAD PCR仪。10µl反应体系包括 10 ×buffer 1.0µl ，Mg2+ 2 mmol/L ，dNTP 200µmol/L，引物 6 ng，Taq酶 1U ，模板DNA 20 ng。反应条件为 94℃变性 3 分钟后，紧 跟 94℃变性1 分钟、36℃退火 1 分钟、72℃延伸2 分钟共40个循环，最后 72℃延伸10 分 钟。扩增产物用 1.5%琼脂糖凝胶电泳分离，UVP紫外透射仪检测。 2 ．1．3 数据分析 对不可靠带（微弱带与同样条件下扩增无法重复的带）和在整个样本中频率低于 5%的 带，在数据分析中不作考虑。每个引物扩增出的带以英文字母表示，依据英文字母的顺序 （abcd ）表示扩增带的分子量大小，分子量最小的带设定为a 。每条带被认为是一个性状， 包括两种表型（扩增带的有和无），分别以 1 和 0 表示。根据上述规定，统计所有引物扩增 的实验结果。 [3] 应用软件RAPD istance package version 1.04 对实验结果进行分析，根据Nei等（1979） 相似系数计算方法计算