使用clustal软件及phylip构建系统发生树.ppt

用ClustalX及PHYLIP软件构建系统发生树 进化树（Phylogenetic tree）分析 对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤 1 To align sequences，要对所分析的多序列目标进行排列；常用的软件有：CLUSTALX和CLUSTALW。 2 To reconstrut phyligenetic tree，构建一个进化树； 3 对进化树进行评估。主要采用Bootstraping法。 1.要对所分析的多序列目标进行排列（To align sequences）。做ALIGNMENT的软件很多，最经常使用的有CLUSTALX和CLUSTALW，前者是在WINDOW下的而后者是在DOS下的。 PHYLIP软件介绍 主要包括五个方面的功能： DNA和蛋白质序列数据的分析软件 序列数据转变方面的功能软件，对距离数据分析的软件 对基因频率和连续的元素分析的软件 把序列的每个碱基/氨基酸独立看待时，对序列进行分析的软件 绘制和修改进化树的软件 对进化树进行评估：Bootstraping法 所谓Bootstraping法就是从整个序列的碱基/氨基酸中任意选取一半，剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列。 这样，一个序列就可以变成了许多序列。一个多序列组也就可以变成许多个多序列组。根据某种算法（最大简约性法、最大可能性法、除权配对法或邻位相连法）每个多序列组都可以生成一个进化树。将生成的许多进化树进行比较，按照多数规则（majority-rule）我们就会得到一个最“逼真”的进化树。 具体操作流程 一、用clustalX软件对已知DNA序列（如下）做多序列比对。 gi gi|114556512 gi gi|114052578 gi gi gi|118094524; gi gi gi|158295905 操作步骤 1.双击进入ClustalX程序，点击FILE进入Load sequence，打开DNA.seq文件。 2.点击Alignment，在默认alignment parameters下，点击Do complete Alignment。 3.点FILE进入Save sequence as，在format框中选PHYLIP，文件在PHYLIP软件目录下以homol.phy存在，点击OK。 4.将phylip软件目录下的homol.phy文件拷贝到exe文件夹中。 二、用PHYLIP软件推导进化树 1.进入EXE文件夹，点击Seqboot软件输入homol.phy文件名，回车后，输入R更改参数，更改重复数字为100。 输入奇异种子为3，程序开始运行，并在exe文件夹中产生outfile。 2.把文件outfile改为infile，点击dnadist程序，输入M更改参数，输入D选择data set。输入100，输入Y确认参数，程序开始运行。 将outfile文件名改为infile，为避免与原先infile文件重复，将原先文件名改为infile1. 3.在exe文件夹中选择通过举例矩阵推测进化树的算法，点击neighbord程序。输入M更改参数，输入D选择data set，输入100,输入奇异种子3,输入Y确认参数。 程序运行结束后，在exe文件夹中产生outfile和outtree两个结果输出。Outtree文件是一个树文件，可以用treeview等软件打开。Outfile是一个分析结果的输出报告，包括了树和其他一些分析报告，可以用记事本直接打开。部分结果如下： 4.将outtree文件名改为intree，点击drawtree程序，输入font1文件名，作为参数。输Y确认参数，程序开始运行，并出现tree preview图。 5.点击drawgram 程序，输入font1文件名，作为参数。输入Y确认参数，程序开始运行，并出现tree preview图。 6.将exe文件夹中的outfile文件名改为outfile1，以避免被新生成的outfile文件覆盖。点击consense程序，输入Y确认设置。Exe文件夹中新生成outfile和outtree。 7.将exe文件夹中的intree文件名改为intree1，将outtree改为intree。点击drawtree程序，输入font1文件名，作为参数，输入Y确认参数。程序开始运行，并出现tree preview图。 8.点击draw个ram程序，输入font1文件名，作为参数，输入Y确认参数。程序运行，并出现tree preview图。 1.要对所分析的多