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系统生物模型转换研究--从SBML到 Stochastic Pi Calculus.pdf
第39卷第8期 上海 交通 大 学 学报 V01．39No．8
0FSHANGHAI UNIVERSITY Aug．2005
2005年8月 JOURNAL JIAOTONG
文章编号：1006—2467(2005)08—1280一04
系统生物模型转换研究
StochasticPiCalculus
从SBML至IJ
董驻鹏， 董笑菊 倪佳华
(上海交通大学计算机科学与工程系，上海200030)
摘
点，给出了两种模型之间转换的一系列处理规则；在规则的指导下将具体的SBML模型转换为
换的方法以及将转换扩展到其他进程演算形式的构想．
关键词：系统生物；系统生物标记语言；随机Pi演算对生物建模；形式化方法；DNA计算机
371．77 文献标识码：A
中图分类号：TP
ResearchesOn MOdelsCOnVersiOn
SystemsBiOIOgy
From tO PiCaIculus
SBMLStOchastic
D()NG NIJia—ht‘n
Zhu—peng，DC)NGxi口。一j珏，
200030，China)
Computer Univ．，Shanghai
(Dept．of Science＆Eng．，ShanghaiJiaotong
withStochasticPiCalculus)todo Bi01一
Abstract：UsingBioSPI(ModelingBiology plenty
a common，text-basedm。delfor and
Markup storageexchangesystemsbiology
ogy Language)is
BioSPImodelisfor and and onthe
tion；but mainlysimulatinganalyzingbiology’schange
onthesetwomodels’characteristic，aseriesruleswere fortheconversionfromSBMLto
study given
BioSPI．Guidedthese realSBMLmodelwasconvertedto ofBioSPIandwasan—
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