肿瘤相关生物学通路的发现和建模.pdfVIP

篷付HEREDITAS(Beijing)2011年8月，33(8)：809--819 ISSN0253-9772 综述 www．chinagene．cn DoI：10．3724／SP．J．1005．2011．00809 肿瘤相关生物学通路的发现和建模 郭昊，朱云平，李栋，贺福初 军事医学科学院放射与辐射医学研究所，蛋白质组学国家重点实验室，北京蛋白质组研究中心，北京100850 摘要：肿瘤是一种严重影响人类健康和生命的复杂疾病。某些生物学通路在肿瘤的发生、发展和转移的过程中 发挥了关键作用，如何发现和研究肿瘤相关通路是人们面临的一大挑战。随着以基因芯片数据为代表的海量实 验数据的产出，很多研究小组提出了一系列算法和模型通过整合和分析实验数据，鉴定和模拟肿瘤相关的生物 学通路，发现了很多重要的生物学结论。文章对这些研究工作进行了综述，给出了一些常用的算法、软件和数 据库资源，并讨论了该领域存在的问题和以后的发展方向。 关键词：肿瘤；基因芯片；基因富集分析；生物通路建模 andsimulationof Identification，modelingkeypathwaysunderlying certaincancers GUO Fu—Chu Hao，ZHU Yun—Ping，LIDong，HE State ProteomeResearch Institute KeyLaboratoryofProteomics，BeijingCenter,BeijingofRadiationMe讲cine，Beijing100850，China Abstract：Cancerisa diseasewhich affectsthehumanhealth．Ithasbeen thatcertain complex greatly widelyreported biologcial rolesinthe of andmetastasis．Identificationandsimulationof pathwaysplayimportant processtumorigenesis，tumorprogression these Can tounderstandthe mechanisms．Withthe of amountof data, pathwayshelp underlying depositionhuge microarray andmodels have aseriesof to the datasetsfortheidentificationand manygroupsdeveloped algorithms anal)7zemicroarray simulationoftumorrelated this wereviewtherecent ofthese andmod- development pathways．Inpaper,firstly algorithms listthe data discusstheexistence and inthisfield． relatedsoftwareand sources；and els；then finally problemsperspectives setenrichment Keywords：cancer；microarray；geneanalysis；biologicalpathwaymodeling 肿瘤是一类严重影响