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实验三：相似性有哪些信誉好的足球投注网站与序列比对 一：实验目的 1. 能够熟练使用NCBI网站的BLAST系列工具和EMBL的BLAST和FASTA工具，掌握一定的数据库有哪些信誉好的足球投注网站相似序列的技巧。 2. 能够熟练运用Clustalx软件进行双序列和多序列比对。 3. 学会使用EMBL上的Clustalw工具进行比对 二：实验内容及操作步骤 BLAST和FASTA的使用 Blastn 进入NCBI主页下载关于H5N1核酸序列或其它你感兴趣的核酸序列(Fasta格式) 进入/BLAST/ 选择Nucleotide→Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)进行核酸相似性数据库有哪些信誉好的足球投注网站 在search对话框中粘贴入下载的H5N1核酸序列或其它你感兴趣的核酸序列(Fasta格式) 调整各参数值，直到获得最佳比对 点击进行比对 点击Format!对结果进行格式化，可在下面的选项中自行设计结果的显示方式 查看比对结果，看在数据库中找到的序列与你的序列是否相似或相同 Blastp 进入NCBI主页下载某一蛋白质序列(Fasta格式)，如amine 选择Protein→Protein-protein BLAST (blastp)进行蛋白质相似性数据库有哪些信誉好的足球投注网站 在search对话框中粘贴入下载的蛋白质序列(Fasta格式) 调整各参数值，直到获得最佳比对 点击进行比对 点击Format!对结果进行格式化，可自行设计结果的显示方式 查看比对结果，看在数据库中找到的序列与你的序列是否相似或相同 Bl2seq 进入NCBI主页下载某两条核酸或蛋白质序列(Fasta格式) 进入/BLAST/ 点击Special目录下的Align two sequences (bl2seq) 将两条序列分别输入Sequence 1和Sequence 2区域 点Align进行比对 EMBL-BLAST 进入http://www.ebi.ac.uk/ 点击ToolBox下的Blast2 - NCBI 自行练习EMBL-BLAST，并比较与NCBI上的BLAST有何区别 FASTA 进入EMBL主页：http://www.ebi.ac.uk/ 点击Services, 点击ToolBox下的FASTA 设置好参数点击Run 点击结果中Summary Table下的按钮查看不同的结果显示 Clustalx软件和在线Clustalw的使用 使用Clustalx软件进行双序列比对： 在NCBI中，有哪些信誉好的足球投注网站H5N1或任何你感兴趣的核酸或蛋白序列，选中两条序列，并一起存为FASTA文件，文件名为newname.fasta, 文件内容例如： xxxx ATTTCGGGTGCTCGATGCTAGG xxxxx ATATTATCATAGAGGGATACCCCCTGGGG 点击软件的File→Load Sequences，加载保存的fasta文件 点击Alignment→Do Alignment，进行默认参数的双序列比对 将比对后的文件存到指定的目录，并用记事本打开并查看你保存的文件 点击Alignment→Alignment Parameters→Pairwise Alignment Parameters，设置各个参数，再进行第3步看结果有何不同 点击Alignment→Output Format Options，将存储的文件格式进行修改（默认为xxx.aln），执行c、d步骤，看不同文件格式的文件内容有何不同 使用Clustalx软件进行多序列比对： 在NCBI中，有哪些信誉好的足球投注网站H5N1或任何你感兴趣的核酸或蛋白序列，选中三条或三条以上序列，并一起存为FASTA文件，文件名为newname.fasta, 文件内容举例如下： xxxx ATTTCGGGTGCTCGATGCTAGG xxxxx ATATTATCATAGAGGGATACCCCCTGGGG xxxxx ATATTATCATAGAGGGATACCCCCTGGGG ...… 点击软件的File→Load Sequences，加载我们存的fasta文件 点击Alignment→Do Alignment，进行默认参数的多序列比对 将比对后的文件存到指定的目录，并用记事本打开你保存的文件 点击Alignment→Alignment Parameters→Multiple Alignment Parameters，设置各个参数，再进行第c步看结果有何不同 使用EMBL的Clustalw工具进行多序列比对： 在NCBI中下载三条或三条以上核酸或蛋白质序列（Fasta格式） 进入EMBL主页：http://www.ebi.ac.uk/ 点击Services, 点击ToolBox→Sequence Analysis→ClustalW 在对话框中输入下载的