分子对接应用和研究进展.pdfVIP

㈣2008中国药理学会 ＼!翻Z／药学发展前沿论坛 析显示CUMS模型在造模第18天显效，至21天建造成功。逍遥散高剂量组尿液动态 分析显示，在整个21天治疗过程，至第21天效果明显，基本达到治疗效果。 3．5代谢组学技术在认识疾病和药物研发领域中发挥巨大的作用，可提供非常有价值的生物标 志物和作用机制信息。生物标志物可为临床试验选择检验指标提供可靠有效的依据，而作用机 制信息有助于了解疾病并设计有针对性的体外筛选模型。与传统技术相比，代谢组学具有以下 优点：第一，从整体观上认识疾病和评价药物；第二，可动态监控疾病致病过程和药物 干预过程中的机体状态变化；第三，是对以往神经递质、内分泌物等临床指标的有效 补充；第四，技术平台具有简单、快捷、灵敏度高等特点且具有广阔的发展空间。 项目。 分子对接应用与研究进展 杨帆刘艾林 中国医学科学院药物研究所北京100005 随着人类基因组计划的完成以及后续功能基因组计划的实施，药物研究的新模式 逐渐形成，即首先从细胞和分子层次弄清疾病发生的机制并确证药物作用的靶标。分 子对接(docking)预测配体与受体生物大分子相互作用的亲和力和结合模式，是药物虚 拟筛选的重要手段。除了常规的单个分子与生物大分子对接和虚拟化合物库有哪些信誉好的足球投注网站，这 一技术最近也被用于活性成分作用靶标确认以及中药分子复方研究。通过建立复方化 学成分库和复方药理模型，计算筛选出候选分子并合理配比设计，分子对接为中药现 代化研究又提供了新的思路。 目前可用的对接算法主要有分子动力学算法、蒙特卡罗算法、基于分子片段算 部作用的精细对接：蒙特卡罗算法(如QXP、Glide)是目前最完备的优化方法之一， 该法易于克服分子作用能垒，可以进行刚性对接和柔性对接。遗传算法(如GOLD、 131 肜二醵2008中国药理学会 l，I●，--l ＼!吲Z／药学发展前沿论坛 算的各配体能量的3D网格一次计算完成，在对接实验中速度明显提高，但准确度依然 较高。 评分函数是分子对接策略中的重要组成，可以分为分子力学场评分、基于经验自 由能的评分和基于知识的评分。目前分子对接的评分采用其中的一种或者两种方法。 采用两种评分方法的对接通常用简便的有哪些信誉好的足球投注网站策略，然后用较复杂的评分系统对所得结 非线性的原子表面距离函数线性组合。 计算速度是对接软件中重要的指标。对接算法的CPU时间消耗主要用于反复计算 能量函数上，其复杂度可用目标函数的调用次数来计量，如何找到相对简单、准确并 且迅速的方法依然是研究的重要方向之一。精确的打分标准应该包括分子形状匹配、 化学性质匹配、分子间相互作用的自由能变化等诸多因素，但是全面考虑这些因素必 然会使计算复杂，耗时加长。 分子对接技术改进需要依靠计算科学、生命科学的不断发展，在不久的将来这一 技术必将更加成熟，在药物研究与新药发现发挥重要的作用。