糙刺参(Stichopus+horrens)线粒体基因组和一种新的基因排列顺序.pdfVIP

horrens)线粒体基因组及一种 糙刺参(Stichopus 新的基因排列顺序 范嗣刚∞，胡超群舻，文菁。，张吕平。 ①中国科学院南海海洋研究所海洋生物资源可持续利用重点研究室广东省应用海洋生物学重点实验室．广州510301； ②中国科学院研究生院。北京100049； @湛江师范学院生物学系．湛江524048 ·联系人，E-mail：cqhu@scsio．ac．∞ 收稿日期：2011-01-31；接受日期：2011-03-16 A200901E01和A200899E02)资助 摘要 线粒体基因组序列在后口动物进化研究中有着重要的作用．本研究使用 关键词 PCR方法获得糙刺参(S比h印淞幻rrens)线粒体全基因组序列．该序列全长16257bp， 线粒体DNA序列全长 糙刺参 包含13个蛋白编码基因，22个tRNA基因和2个rRNA基因．除了一个蛋白编码基 基因排列 l蚕(nad6)和5个tRNA基因(fRⅣA跏㈣。水ⅣA曲。tRNA胁。tRNAv甜，tRNA舢9)在轻链上编 海参纲 码外，其余的基因都在重链上编码．糙刺参线粒体重链碱基有30．8％A，23．7％C。 16．2％G，和29．3％T构成．假定的线粒体控制区长675bp．基因问间隔碱基长1—50 bp，共227 bp，共25bp．13个蛋白编码基因起 bp．11个基因闽有重叠碱基，长l—10 始密码子均为ATG，终止密码子大多为TAA(nad3和had4的为TAG)．亮氨酸编码 频率最高(16．29％)，随后是丝氨酸(10．34％)和苯丙氨酸(8-37％)．所有的22个tRNA 基因均能折叠成三叶草结构．通过和其他4种海参的线粒体基因排列顺序比较，本 研究发现糙刺参的线粒体基因排列顺序是一种新的排列方式． 一般地。所有的动物线粒体DNA都有37个基因：动物中广泛存在，比较这些线粒体基因序列，能解决 13个蛋白编码基因，2个rRNA基因(12S砌妊和16S一些棘皮动物更深层次的进化难题‘5·暑．121． RNA)和22个tRNA基因【l】．线粒体DNA具有结构紧海参(Sea 密，拷贝数多，进化速率快以及缺乏重组的特点，以 被广泛地应用于进化、遗传多样性和种类鉴定方面的 subunits6and 缩略词：口l】晒和8：ATPase 8；cob：cytochromeb； 研究【21．用线粒体基因组序列研究后口动物的进化关 coxida靶subunits coxl-3：cytochrome I—Ⅲ：啦dJ-6和4L：NADH 系非常普遍13,41．除了线粒体序列外。线粒体基因排 subunits1-6and and dehydrogenase 4L；srRNA和IrRNA：smalllarge subunitsribosomaI RNA：tRNA：transfer 列顺序也是一个重要的研究进化的分子标记[1,5-71． RNA(tRNA)genes；·bp： base 目前研究发现。线粒体基因组序列重排现象在棘皮 IRNASinUCNJ 海参约有1400种l口j，但这些海参的系统进化关系还没PCR反应体系为50