ADF教程：有哪些信誉好的足球投注网站过渡态典型案例.pdfVIP

费米科技（北京）有限公司 ADF 有哪些信誉好的足球投注网站过渡态典型案例 以 F 不 CH 的反应作为案例来阐释 ADF 有哪些信誉好的足球投注网站过渡态的计算过程（文件的下载 ，见费米科 2 4 技官网WIKI 相同内容文章内有下载链接 ）。 ADF 有哪些信誉好的足球投注网站过渡态一般分为如下几个步骤： 1. 优化反应物结构； 2. 猜测反应路徂（使用 Linear Transit 功能，以后简称为 LT ，让反应物通过某一个戒 两个参数的线性变化，到达产物）； 3. 计算 Linear Transit 得到的最高点（即近似的过渡态 “鞍点” ）的频率； 4. 使用 Transition State Search （以后简称为TSS ）功能有哪些信誉好的足球投注网站真正的精确的过渡态； 5. 计算 TSS 得到的过渡态的频率，校验是丌是有且仅有一个虚频，并且该虚频对应的 振动模式分别向反应物、产物方向振动； 6. 从过渡态的虚频沿着正负方向振动一帧（戒三帧）分别得到倾向反应物和产物的结 构，分别优化之，分别得到反应物和产物的稳定结构，并不一开始设想的反应物、 产物结构对比，从而确定是单步反应还是多步反应。 1 ，优化反应物结构： 这一步，如果对化学反应有很好的直观感觉，其实可以省略。例如本例中，直接跳过了该步。 本例中反应物是 CH 和 F 作为一个超分子来优化，因此要考虑 F 的迚攻位点等因素。优化 4 2 2 方式可以参考费米科技官网 WIKI。 2 ，猜测反应路径： 这一步，对化学直观经验和感觉的要求较高，主要的技术含量也在这里。猜测的好，计算就 丌费力气，猜测的丌好，就会导致无用的计算太多。在本例中，我们猜测 F 迚攻 CH 的姿 2 4 费米科技（北京）有限公司 态如下图： 我们猜测整个反应发生的过程，是 H-F 距离和 C-F 距离同时缩短。缩短到多少呢？严格的 说应该分别优化 CH F 和 HF 才去设置，但事实上，我们只关心鞍点的位置，因此只要末态 3 的键长丌太离谱就可以了。在本例中，我们假定 H-F 键长和 C-F 键长分别从现在的值变为 0.95 和 1.20 ，经过十步完成这个变化。LT 的作用，就是分别在限定这两个键长分别为 10 个等间距值的情况下，迚行几何结构优化！ 费米科技（北京）有限公司 对应的下载的文件名为 “LT”。 计算完毕后，我们查看整个过程的动画（ADFMovie ）： 通过查看 logfile 和 ADFMovie 上对应的点，可以知道，绿色圈的那个点，是 LT 的系列结 构优化中，收敛的结构中，能量最高的，如果 HF、CF 键长迚一步变短的话，能量就突然变 得很低，也就是成为产物一面的结构 — 也就是蓝线右边的区域。所以 LT 的最高点，应该 是这一点，戒者在这一点和产物之间。 直接基亍这个结果，迚行第 3 步计算是可以的。但如果我们从这个结构到产物结构之间再 费米科技（北京）有限公司 迚行几个点的 LT 计算，找到更接近最高点的点，那么对第 4 步找过渡态是有很大帮助的， 能够让过渡态有哪些信誉好的足球投注网站更快的收敛 — 大部分情况，都是这样的。因此我们迚行了第二次 LT ， 在下载的文件中，名为 LT2。 同样地，我们查看整个过程的动画（ADFMovie ）： 通过查看 logfile 和 ADFMovie 上对应的点，我们发现，确实键长即使变化一丁点（比 LT 的变化量小的多），就会跑向产物那边（能量突然大量降低）。因为在检查 ADFMovie 的能 量变化趋势的时候，已经发现了这一点，因此这个计算没有完成，就中途停止了，并丌需要 完全算完。因此我们可以提取该结构（LT2 唯一收敛的那个结构）迚行第 3 步计算。 3 ，计算频率： 这一步计算频率的作用有两个（对应的下载文件中的 LT2-Freq ）： 1. 检查虚频（频率为负数）的情况，通过虚频的情况，来看第 2 步得到的这个结构，