基于氨基酸特征序列的蛋白质结构分析.pdfVIP

ofBioinformatics 研究论文 生物信息学ChinaJournal 基于氨基酸特征序列的蛋白质结构分析* 朱平1’2，管维红1，高雷1，徐振源1 (1．江南大学理学院，江苏无锡214122；2．江南大学信息工程学院，江苏无锡214122) 摘要：针对蛋白质序列中氨基酸的核苷酸组成部分及其相关特征信息，提出另外的口一等序列的概念，并讨论了其主要特征 与次要特征，可作为对蛋白质进行定性和定量比较的一种方法，用来判断这些物种的同源性和相似性程度。然后，对所取的 全a螺旋，全p折叠和邙类序列，利用口一，r一，crr序列的概念，给出蛋白质序列的相关氨基酸特征序列。同时对三类共18个 蛋白质序列进行数值刻划，给出数值刻划图并进行分析。 关键词：特征序列；同义密码子；蛋白质序列；数值刻划图 文献标识码：A 中图分类号：Q518．1；015；TP391 文章编号：1672—5565{2008)一03—106—04 oftheProteinStructureonthe acids based an面no characteristics Analysis sequences z刖PingI”，GUANWei—hon91，GAOLeil，XUZhen—yuanl (J．School 214122，c舫Ⅺ) ofScience，Jiaagnan№蚵．Wuai214122，tYnina；2．School0阿两棚Tedmol叼，Jiangnanl删y，IVuxi this the in and“c0町陀”in into bases0ftheaminoacid Aht功d：Inpaper，byintroducinghomm的rphismalgebra eomisting synonymy physics 0f fornucleotide ofaminoacidsin thenumerical eodon，these d一，r—and concepts fita地presented components protein，and de8c一曲on method aminoacidcharacteristicin is 0fthecharacteristic 8伽忙infor· It伐luence8 given．By(舢parifloil 8eq地嗍，weget 0f陀la血g proteins marionaboutthestr删characteristic0faminoacidsonthreekinds structuralcla．．gsesof a—heli】【，all of的删ary pmteim：all p—strand， withnumerical ofamino about acideharaeterislic 18 and邙kindprotein，瑚pecdvely．Finally，thegraphrepresentation description 8d31uerle,es