磷酸二酯酶4抑制剂药效团模型的构建.pdfVIP

2008，V01．3，№．4 ·论著· 磷酸二酯酶4抑制剂药效团模型的构建 鲍红娟，张燕玲，乔延江 【摘要】 金森病和卒中等口J。因此，PDE4作为一个药物靶 点，研究开发其抑制剂具有重要的意义。 目的 构建磷酸二酯酶4(PDE4)抑制剂药效团模型，为 中草药的相关虚拟筛选研究提供新的方法。 利用化合物的三维结构信息进行药物设计与 发现已经成为药物发现的重要手段，药效团模型方 方法 以22个具有PDE4抑制活性的化合物作为训 法是计算机辅助药物设计中基于配体的一种药物 练集化合物，其半数抑制浓度(IC50)范围在0．042— 23000 设计方法，可最大限度地利用已有化合物的三维结 nm01．L．1。利用Catalyst，HypoG即系统，对训练集化 合物进行构象分析，通过对训练集化合物多个构象进行叠 构信息进行药物发现I铀j。近年来国内外对药效团研 合，提取药效团特征及三维空间限制构建药效团模型。结合 究越来越多，主要用于药物设计、虚拟筛选及生物 数据库有哪些信誉好的足球投注网站命中率筛选最优药效团。 大分子与配体作用机制研究等方耐7。16J。为了便于 开展中草药中具有抑制PDE4活性的化合物的虚 结果最优药效团模型包含2个氢键受体、1个脂性疏水 拟筛选研究，我们利用药效团模型构建常用方法 基团和1个芳香环特征，排除体积数为6个。模型相关系 数、Totalcost值、Fixedcost值、Nllllcost值、△cost值 型，现报告如下。 和Configuraljoncost值分别为0．9047、117．7、90．84、180．4、 62．7和15．71。利用所得较优模型对MDL药物数据报道 1材料与方法 数据库进行有哪些信誉好的足球投注网站，该模型的命中已知活性化合物数与命中已 1．1材料 知活性化合物总数比值为58．95％。 药效团模型构建所采用的Catalyst软件包(版 结论 利用Catalyst系统构建的PDE4抑制剂药效团具 有较好的预测能力，可作为提问结构用于数据库的有哪些信誉好的足球投注网站，有 助于中草药中具有抑制PDE4活性的化合物的虚拟筛选 三维结构有哪些信誉好的足球投注网站)，ConFim(多构象模型生成工具)， 研究。 【关键词】磷酸二酯酶抑制剂； 药物设计； 中草药； 数据库 化药效团模型)。除特殊说明外，所有参数均为系 帆n饥c出p．Mt．cn 中国医药生物技术．2008，3《4l：266．272 统默认值。 1．2方法 磷酸二酯酶(phosphodiestemses，PDE)催化 1．2．1 训练集化合物的筛选 依据已报道的药理 cAMP和cGMP水解开环分别生成AMP和GMP， 是细胞内降解cAⅧ和cGⅧ的唯一途径。抑制活性数据，自MDL药物数据报道数据库(MDL