Weihong Xu11122008Boston, MA.ppt

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2017-08-10 发布于甘肃
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* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * apt-probeset-summarize Syntax apt-probeset-summarize –a rma-sketch [–a dabg] –c chip.clf –p chip.pgf –b chip.bgp –o outpath –m chip.mps [–kill-list chip.kil] *.CEL Parameters -a, analysis method Chipstream format: a comma separated list of transformations with specific parameters passed as key value pairs, e.g. rma-bg,quant-norm.sketch=-1.usepm=true.bioc=true,pm-only,med-polish Predefined method: rma-sketch, dabg, rma, plier etc --kill-list: needed when the analysis involves gc-bg Windows: using ‘—cel-files filename’ instead of *.CEL 11/12/2008 Glue Grant H1 Analysis Tutorial * apt-probeset-summarize (2) Background correction gc-bg rma-bg Mas5-bg Pm-gcbg Pm-mm Normalization Quant-norm Med-norm Summarization Plier/iter-plier Median polish (RMA) DABG Median No Li-Wong yet 11/12/2008 Glue Grant H1 Analysis Tutorial * ExamplesLowLevelAnalysis/bns.bat PSR rma-sketch and dabg analysis apt-probeset-summarize -a rma-sketch -a dabg -c hGlue1_0.r3.clf -p hGlue1_0.r3.pgf -b hGlue1_0.r3.antigenomic.bgp --qc-probesets hGlue1_0.r3.qcc -s hGlue1_0.r3.PSR.ps --qc-probesets hGlue1_0.r3.qcc -o BNS/PSR --cel-files CELlist.txt --kill-list hGlue1_0.r3.kil TC (transcription cluster) Meta Probe Set rma-sketch or chipstream apt-probeset-summarize -a rma-sketch -a quant-norm.sketch=50000,pm-gcbg,iter-plier -c hGlue1_0.r3.clf --p hGlue1_0.r3.pgf -b hGlue1_0.r3.antigenomic.bgp --qc-probesets hGlue1_0.r3.qcc -m hGlue1_0.r3.TC.mps -o BNS/TC --cel-files CELlist.txt --kill-list hGlue1_0.r3.kil Compute U133Plus2 probe Set apt-probeset-summarize -a rma-sketch -c hGlue1_0.r3.clf --p hGlue1_0.r3.pgf -b hGlue1_0.r3.antigenomic.bgp --qc-probesets hGlue1_0.r3.qcc -m hGlue1_0.r3.U133plus2.mps -o BNS/u133plus2 --cel-files CELlist.txt Compute Human Exon ST1.0 Transcript Cluster apt-probeset-summarize -a rma-sketch -c hGlue1_0.r3.clf --p hGlue1_0.r3.pgf -b hGlue1_0.r3.antigenomic.bgp --qc-probesets hGlue1_0.r3.qcc -m hGlue1_0.r3