鸭YAP1基因编码区克隆、生物信息分析及其组织表达特性.pdfVIP

鸭YAPl基因编码区克隆、生物信息分析 及其组织表达特性 邱佳闵刘贺贺王继文+ (四川农业大学“畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室”，四川成都611130) 摘要本研究旨在克隆鸭YAPl基因，预测其蛋白结构、功能及其组织表达特性。【方法】以北京肉鸭 应用荧光定量PcR检测其组织表达谱。【结果】结果表明：鸭YAPl基因CDS全长1248bp，编码415个氨基 酸，氨基酸水平上与鸡相似性高达99．7％，与参与比较的哺乳动物相似性均高于90％；氨基酸序列分析发现 鸭YAPl蛋白相对分子量为45417．5Da，理论等电点为5．15，主要定位在细胞核，属水溶性蛋白，无信号肽与 跨膜结构，不属于分泌蛋白；预测鸭YAPl氨基酸含有磷酸化、糖基化位点各30个；含两个WW结构域，且不 同物种间结构域较保守；二级结构以无规则卷曲为主，三级结构呈弯曲状螺旋结构；荧光定量结果显示， YAPl在胰脏中表达量最高，可能在胰脏中起关键作用。【结论】由研究结果与分析推测，鸭等鸟类YAPl基 因功能与哺乳动物具较高一致性。以上研究为进一步探讨YAP基因在鸟类中的作用提供了参考。 关键词鸭；YAPl；生物信息学分析；基因克隆；组织表达差异 近年的研究发现，Hippo通路可通过控制细胞的增殖、凋亡与分化等来调控细胞数量，从而影响器官、组 associated YAP。其中Yes 并受上述四个上游因子的负性调控，而YAP自身则正性调节细胞的生长、增殖等，在调节组织器官的生长发 育中起着关键的作用。 与YAP2。在近年对人、小鼠的研究中发现，YAP在许多组织、器官中具重要作用，在骨骼肌中，过表达YAP 可导致骨骼肌生长异常；在上皮细胞中，可控制上皮干细胞的增生；在小鼠肝脏中，YAP基因过表达，将导致 肝细胞大量增生。除此之外，YAP基因与肿瘤间的关系是近年来的研究热点，许多研究报导显示，YAP在卵 巢、消化系统、肝脏等肿瘤中作为致癌因子，在肿瘤的发生部位过量表达。在其他哺乳动物中，2013年孙伟 等对绵羊YAPl基因进行全长克隆及相关生物信息学分析，为该物种YAPl基因的深入研究提供理论基础。 因核苷酸序列已上传至GenBank基因数据库。 YAP基因在调节动物体各组织、器官的生长发育，维持功能及内环境的稳定中都扮演着不可或缺的角 色。然而，在现有的对YAP基因的报导中绝大多数以哺乳动物为对象进行研究，至今还未对鸟类YAP基因 基金项目：四川省“十二五”农作物及畜禽育种攻关项目．水禽配套系选育(201lNZ0099—8) }通讯作者：王继文(1964一)，男，四川仪陇，博士，教授，E-mail：wjw2886166@163．com 四川省畜牧兽医学会2014年学术年会 有过相关研究报导。所以，了解鸭YAPl基因结构及其在各组织、器官中的表达情况，寻找其序列与各物种 间的差异，将为以后进一步研究鸭及其他鸟类YAP基因提供参考。 1材料与方法 1．1 试验动物及取样 本实验试验雏鸭由四川农业大学家禽育种场提供。试验雏鸭孵化条件、饲养管理、营养水平均一致。选 择1月龄的北京肉鸭公、母各3只，屠宰后取腿肌、胸肌、心脏、肝脏、肺、。肾脏、皮脂、腹脂、脑、胰脏10个组 织，标记后迅速投入液氮中速冻，于一80℃冰箱保存，用于总RNA的抽提。 1．2 RNA提取和RT—PCR RNA质量。采用反转录试剂盒(Primescript@RTreagentKit)对总RNA进行反转录，合成cDNA第一链，一 Premer 20℃保存。根据绿头鸭预测序列(XM—1005010517．1)，利用蹦mer5．0设计扩增鸭YAPl编码区的引 接获得鸭YAPlCDS区全长序列。 1．3 Real—timePCR 根据克隆的鸭YAPl GreenRealtimePCR MasterMix试剂盒，在Bio—RadiQ5荧光定量PCR仪上进行，荧光通道选择FAM。反应 条件为：95℃预变性10 s；95℃变性5s，62℃退火30 DH(XM—1005016745．1)(表1)。 表l 鸭YAPl的PCR引物 1．4生物信息学分析 根据鸭YAPl基因的克隆结果，利用DNAstar中Edit