2数据库介绍【荐】.ppt

a b c a b c d Phase 0 Phase 1 Phase 2 Phase 3 cosmid / BAC / YAC （7）基因组数据库 /entrez/query.fcgi?db=Genome  NCBI 的另一个数据库 测序完成和正在测序物种基因组序列、遗传图、物理图等 序列收集在GenBank 已经完成测序的基因组（截止2010年4月） 古细菌（archaea）染色体（166） 细菌（bacteria）染色体（3170） 真核生物（eukaryota）染色体（3497） 病毒（viruses）（2983) 噬菌体（phages）（578） 类病毒（viroids）（40） （7）基因组数据库 /entrez/query.fcgi?db=Genome  真核生物器官（organelles） 线粒体（mitochondria）（2152） 质体（plastids）（177） 质粒（plasmids）（19） 类核体（nucleomorph）（8） 所有质粒（all plasmids）（2258） 数据形式丰富 8）dbSNP (Database of Single Nucleotide Polymorphisms) /SNP/ NCBI的数据库，创建于1998.9 约每100－300 bp 有一个SNP 数据种类 Single nucleotide polymorphism（SNP） Short deletion Insertion polymorphism Insertion/deletion (Indel) Deletion/insertion/substitution (DIS) 代码 碱基 互补代码 M A或C K R A或G Y W A或T W S C或G S Y C或T R K G或T M V A、C或G B H A、C或T D D A、G或T H B C、G或T V N G、A、T或C N dbSNP主页输入关键词 检索到的条目 每一条目详细内容 标准碱基多意代码 tyrosine kinase为例 （9）EMBL (European Molecular Biology Laboratory) Nucleotide Sequence Database EBI (European Bioinformatics Institute) 管理 主要是欧洲国家产生的 DNA 和 RNA 序列 序列数据文档格式与 GenBank 不同 数据库主页http://www.ebi.ac.uk输入关键词 检索到的条目 每一条目详细内容 （10）DDBJ (DNA Data Bank of Japan) 主要是日本产生的 DNA 和 RNA 序列 数据库主页http://www.ddbj.nig.ac.jp/intro-e.html输入关键词 发表文章要提供 Accession number 检索到的条目 每一条目详细内容 11）EPD (Eukaryotic Promoter Database)  http://www.epd.isb-sib.ch 由Weizmann Institute of Science in Rehovot (Israel) 开创 4809条真核生物聚合酶II（eukaryotic POL II）启动子序列（2009.6） 收集数据的转录起始位点通过实验确定 cis-element信息 人类基因组中的启动子大约19万个 同一个基因具有多个启动子 (11)miRBase (the home of microRNA data) / 收集了10883条 hairpin precursor miRNA 序列（2012.8） 表达21264条mature miRNA 来源于115个物种 可以通过miRNA名、关键词、染色体位置等检索数据库 分析一条DNA序列中是否可能包含miRNA（第四章介绍） 作业 写出生物信息学定义,英文名称。 写出GenBank，EMBL，DDBJ 网址。 何谓一级结构序列数据库和二次数据库？ 什么是EST，STS，UniGene？ 什么是FASTA序列格式？ * * * 第三章 生物信息数据库 主要内容： 初级数据库：包括DNA数据库、基因组数据库 蛋白质序列数据库和蛋白结构数据库 初级数据库的注释 数据库的冗余和偏差 向数据库发送序列数据 数据库信息检索系统 序列数据库 结构数据库