BLAST和FASTA应用【荐】.pdf

/cab/xueyuanxiashubumen/nx/bioinplant.htm 《生物信息学札记》 樊龙江 第三节 数据库相似性有哪些信誉好的足球投注网站引擎——BLAST 和 FASTA 应用 一. 数据之海与一叶轻舟 《科学》(science)杂志在 2001年2月16 日的人类基因组专刊(NO.5507)上 发表了一篇题为“生物信息学：努力在数据的海洋里畅游”的文章，文章写到： “我们身处急速上涨的数据海洋中…我们如何避免没顶之灾？”一条可靠的办法 可能是赶紧找到“一叶轻舟”，而且在轻舟上装上先进的电子设备，诸如卫星定 位系统．卫星信息传输系统等等……BLAST 和 FASTA 便是这样的一条 “轻舟”往 来穿梭，速度奇快。 大多数研究目前都通过国际互联网 Internet 应用 NCBI 研制的 BLAST 程序 (Basic Local Alignment Search Tool)来进行DNA 和蛋白质序列相似性有哪些信誉好的足球投注网站。 用一组 BLAST 程序联配可以快速进行核酸和蛋白质序列库的相似性检索。采用 BLAST 的基本算法编成了若干各不同的程序，分别使用特定的序列库和用于特定 类型的输入序列。BLASTN 是在核苷酸序列库有哪些信誉好的足球投注网站核苷酸序列。BLASTP 是在蛋白 质序列库中有哪些信誉好的足球投注网站氨基酸序列。TBLASTN 则可以在核酸序列库中有哪些信誉好的足球投注网站氨基酸序列， 此时序列库在有哪些信誉好的足球投注网站之前要按所有 6 种读框即时翻译。与此相反的一项分析则由 BLASTX 来完成，它要将所输入的核酸序列按所有 6 种读框翻译，然后再以之搜 索蛋白质序列库。近期Altschul S.F.等人（1997 ）提出了一个通过寻找蛋白质家 族保守序列来提高算法敏感性的 PSI-BLAST （Position-Specific Iterated BLAST ） 算法，并开发了相应的软件。PSI-BLAST 可以对数据库进行多轮循环检索，每 一轮的检索速度都大约是BLAST 的两倍，但每一轮都能提高检索的敏感性。它 是目前 BLAST 程序家族中敏感性性最高的成员。但是，PSI-BLAST 不能在检索 过程中估计统计的显著性，这无疑是一个缺憾。 50 /cab/xueyuanxiashubumen/nx/bioinplant.htm 《生物信息学札记》 樊龙江 表 3.15 数据库相似性有哪些信誉好的足球投注网站程序 BLAST 和 FASTA 程序清单 程 序 待检序列类 数据库类型 说 明 (Program 型 (Comment) ) (Probe type) BLASTP p p 在蛋白质序列库中比对待检蛋白质序 列 BLASTN n n 在核酸序列库中比对待核酸序列 BLASTX n p 在蛋白质序列库中比对待检核酸序列 (用所有6 种读框翻译) TBLASTN p n 在核酸序列库(用 6 种读框即时翻译)中 比对待检蛋白质序列 TBLASTX n n 在核酸序列库(用 6 种读框即时翻译)中 比对待检核酸序列(同样用所有6 种读 框翻译) FASTA3 p p 在某一蛋白质序列库中有哪些信誉好的足球投注网站蛋白质相 似序列 n n 在某一核酸序列库中有哪些信誉好的足球投注网站核酸相似序