SARS冠状病毒RNA依赖的RNA聚合酶RdRp蛋白保守氨基酸基序的鉴定.pdf

第 卷 第 期 病 毒 学 报 20 4 Vol . 20 No. 4 2 0 0 4 年 1 2 月 CHINESE JOURNAL OF VIROLOGY dec. 2 0 0 4 冠状病毒 依赖的 聚合酶（ ） SARS RNA RNA RdR p 蛋白保守氨基酸基序的鉴定 张大鹏，王进，杨洁，华子春 （南京大学 医药生物技术国家重点实验室，南京 210093 ） 关键词：严重急性呼吸综合征冠状病毒（ 病毒）； 依赖的 聚合酶蛋白；多序列比对；同源模建 SARS RNA RNA 中图分类号： 文献标识码： 文献编号： （ ） R373 .9 A 1000 - 8721 2004 04 - 0371 - 07 严重急性呼吸综合征冠状病毒（ 病毒）的 的酶家族具有相似的结构及催化机制。生物 SARS RdRp 高危害性，使得研究其分子机制并开发有效的治疗 信息学的方法也被用于寻找RdRp 蛋白的高保守的 ［ ， ］ 药物成为当前生物学家面临的紧迫任务。基于对其 氨基酸基序 19 20 ，以及探讨RdRp 同其它RNA Pol ［ ］ 21 它冠状病毒的认识及有效的生物信息学有哪些信誉好的足球投注网站方法， 的进化关系 。但是到目前为止，关于 SARS - ［，］ 1 2 的研究尚鲜见报道，因此在这里我们对它的 人们得以认识SARS 病毒的进化关系 ，同时它 RdRp 的一些非结构蛋白，如 、 、 的可能 序列模式及三维结构进行了分析和模建，以便为下 nsP14 nsP15 nsP16 ［，］ 3 4 一步的药物设计奠定基础。 的功能结构域也得到初步的确定 ，尽管它们与 功能已知蛋白的序列相似性很低。多个 SARS 蛋 寻找功能的氨基酸基序是认识蛋白质结构和功 ［，，］ ［］ ［］ 能的前提工作。多序列比对是确定这些氨基酸残基 白，如 5 6 7 、 8 、 9 的结构，也先后 3C ro S ike nsP9 p p 利用同源模建的方法和实验的方法获得。而且以模 的有效方法，因为蛋白质中的催化残基以及其它功 建的