GO分析工具.pdf

GO 分析工具 GO 委员会工具 AmiGO [/cgi-bin/amigo/go.cgi] AmiGO 提供检索和浏览 GO 委员会提供的本体学(ontology)和注释(annotation)数据。用户可以通过检索蛋白获得相 应的 GO 术语，可以检索 GO 术语得到相应的细节和相关的蛋白注释，AmiGO 还提供了 BLAST 有哪些信誉好的足球投注网站引擎，比对有 GO 术语注释的基因和基因产物的序列。 OBO-Edit [/project/ ... up_id=36855amp;package_id=192411] OBO-Edit 是一个开源的、与平台无关的应用程序，用于显示和编辑 OBO 格式的本体文件.OBO-Edit 是基于图的工 具，强调本体的全部图结构，给生物学家提供了一个友好的接口。OBO-Edit 是个很好的工具，关注于相对简单的门类 的相互关系,有助于本体学的快速更新。 非 GO 委员会工具 用于有哪些信誉好的足球投注网站和浏览 GO 的工具：显示、浏览和有哪些信誉好的足球投注网站相应的本体和注释 ** CGAP GO Browser [/Genes/GOBrowser] 提供浏览 GO 词汇，可以找人和小鼠基因对应的 GO 术语, 每隔几个月更新 GO 的数据。 ** COBrA [/cobra/] 一个基于 Java 的本体编辑器，区别于其它编辑器在于其提供了两个本体间概念上的连接，以及提供了精细的分析和验 证功能。除了支持 GO 和 OBO 格式之外，COBrA 还能导入和导出本体为语义 web(Semantic Web)格式如 RDF、 RDFS、OWL。 ** Comparative Toxicogenomics Database [/] CTD 是一个公用的数据库，加强了对环境中化学物质对人类健康的理解，整合了 GO 数据和 GO 浏览器。使得用户可 以理解暴露在化学物质下相关靶标的生物功能、过程和细胞定位。 ** DynGO [/liblab/dyngo.html] 是一个客户端-服务器模式的应用程序，提供了许多高级的功能，除了标准的浏览功能外，DynGO 允许用户批量地检索 一系列基因和基因产物的 GO 注释，以及语义检索一系列基因和基因产物所共有的相似GO 注释，结果根据 GO 的等级 显示为树状结构，支持许多动态显示的选项如对树节点排序或改变树的方向。对于 GO 管理者和经常使用 GO 的用户， DynGO 提供了快速和方便的访问 GO 注释数据。DynGO 广泛地应用到有 GO 术语注释的任意数据集。 ** EP GO Browser [http://ep.ebi.ac.uk/EP/GO/] EP GO Browser 是 EBI 的 Expression Profiler 中的一个组件(Expression Profiler 是一个工具集，用于聚类、分析和可 视化显示基因表达和其它基因组数据) ，通过它，你可以有哪些信誉好的足球投注网站GO 术语和识别基因相关的节点，以及相应的子节点。 ** Gene Class Expression [http://gdm.fmrp.usp.br/cgi-bin/gc/upload/upload.pl] Gene Class Expression 允许使用 GO 数据库对 SAGE 数据进行功能注释。这个工具对每一个 SAGE 标签在 GO 数据库 里进行有哪些信誉好的足球投注网站，对选定的 GO 类别和选定的等级进行关联。这个系统对于映射 SAGE 数据到 GO 结构上提供了用户友好的 数据导肮和可视化。还对 SAGE 标签在每一个 GO 类别里的百分比提供了图形可视化以及置信区间和假设检验。 ** GeneInfoViz [/geneinfoviz] GeneInfoViz 是一个基于 web 的工具，提供批量检索基因功能信息、可视化 GO 结构和构建基因相关网络。用户需要 提供一个基因列表(格式可为 LocusLink ID、UniGeneID、gene symbol、accession number) ，结果返回功能基因组 信息。基于对给定基因的 GO 注释，GeneInfoViz 允许用户以 GO 的 DAG 结构显示这些基因，以及在选定的 DAG 水 平上构建基因相关网络。 ** GeneOntology at RZPD [http://www.rzpd.de/cgi-bin/asearch/GO/go4rzpd.pl.cgi] RZPD 提供了 GO 标识符和相关联的 UniGene ClusterIDs、G