DNA单链二级结构预测与单链构象多态性分析的一致性研究.pdf

生袖化学与生物物理进展 P7孵．m眦hem．Bjophys DNA单链二级结构预测与单链构象多态性 分析的一致性研究* 何云刚 谭德勇“ 钱伟赖建华谢咏芳 (云南大学生物技术秉，昆明650091) 摘要单链构象多态性(sscP)分析是一种简便，快速检测DNA突变的方法，它在基因突变检测、遗传分析、 进化研究等领域有着广泛的应用价值但是这种方法的突变检出率随DNA序列不同而变化，一般只能达到70％ ～80％这主要是有的碱基突变对单链DNA的构象影响较小，不能通过SScP检测出来将计算机对DNA二级 结构的预测结果和实验结果作了对比，发现二者有很高的一致性这一结果表明计算机的DNA单链二级结构预 测分析可用于PCRSScP分析的辅助设计，提高sScP的突变检出率 关键词 突变检测，DNA单链二级结构预测，单链构象多态性分析 学科分粪号qBl9．3 A 单链构象多态性(SScP)分析技术最开始由 orita…于1989年建立，后来与PCR技术结合建立 1材料与方法 PcR．sscP技术旧J，是进行DNA的sNP检查和突 变检测所用的筛查方法中较好的一种方法．虽然现 1．1材料 在也有一些其他的技术可进行突变检测，如变性梯 度凝胶电泳(DI)C℃)方法，测序，芯片技术等 教授赠送．突变型p53基因所编码蛋白的第143位 等，但由于PcR-sscP方法简便易行，耗时短，检 出率较高，仍然被广泛地应用【3“1 由Val变为舢a，即密码子由GTG变为(；CG． SscP方法的建立，几乎全靠经验来进行各种 J在 条件的控制和优化．由于有的碱基突变对DNA分 1992年发表，基因序列由NCBI的核酸序列数据 子构象影响较小，因而不能用这种方法检测到突 变．虽然有人已经注意到突变位点周围的碱基构成 物研究所刘次全研究员实验室提供． 对突变的检出率产生影响，但并不知道哪种情况的 1．2试剂 PcR试剂盒购于基因公司；引物由上海生工 突变不能检测L81这使PcR—SScP方法的检出率 无法提高，影响这一方法的应用 生物工程公司合成其他试剂购于云大生化公司． 1．3方法 在sSCP分析中，变性时DNA双链解开成单 链，在复性时，单链自身配对形成二级结构，再在 1．3．1PCR扩增 单链自身的二级结构基础上进一步形成高级结构 因此，DNA碱基突变对单链的二级结构影响可以 反映出它对空间结构的影响，通过了解单个碱基对 p53E7B：5’一HX；ACI℃兀℃CA(黝CAAC一37．p53E5A， DNA单链二级结构的影响就可以预测这种变化能 p53E5B扩增第五外显子，片段长184bp；p53E5A 否通过sScP分析检测到近年来，随着结构分子和p53研B扩增第五，第六和第七外显子，片段长 400bD． 生物学的发展，大量的DNA／RNA二级结构预测 软件出现，使人们通过计算机预测DNA／RNA的 二级结构成为可能．本文采用核酸二级结构预测软 基金资助项目(19∞c002z) 件，对DNA单碱基突变被sSCP分析检出的可能 “通讯联系人 性与实际的sScP分析结果进行了比较，以期用对 hcn Tel：08