植物SNP数据库及转化CAPS的方法.pdfVIP

维普资讯 分子植物育种，2006年，第 4卷，第 3期，第443—447页 MolecularPlantBreeding，2006，Vo1．4，No．3，44 3一 新思路、新技术、新方法 NovelThinking Technology 植物 SNP数据库及转化CAPS的方法 刘学军 - 闫双勇-’ 刘小红： 苏京平 。马忠友 。 孙林静 。 卢百关 1天津市水稻研究所，天津，300112；2西华师范大学生命科学学院，南充，637002；3江苏省连云港市农科院，连云港，222003 通讯作者，ysyls6@sina．corn 摘 要 单核苷酸多态性(SNP)在植物基因组中广泛存在 ，基于 SNP的分子标记也正越来越广泛地应用到 植物基因定位、图位克隆及分子标记辅助育种等方面。模式植物拟南芥和水稻的全基因组序列测定已经完 成，拟南芥有两种生态型完成了全序列测定，水稻有两个品种完成了全序列测定。许多植物有来 自不同品种 或不同组织器官或生长发育阶段的大量的EST序列。这些序列是植物SNP开发的重要资源。利用生物信息 学手段对全基因组序列或EST序列进行分析 已经形成了许多SNP位点数据库，这些数据库的建立为基于 SNP的基因功能研究及分子标记开发提供 了宝贵的资源 。本文对植物 SNP位点开发涉及的数据库资源及 已 经形成的SNP位点数据库进行了总结，并讨论了将 SNP位点转化成 CAPS或 dCAP S标记的方法和相应的 工具软件 。 关键词 单核苷酸多态性，SNP数据库，酶切扩增多态性序列 ThePlantSNPDatabasesandtheMethodofConvertingSNPintoCAP S LiuXuejun。YanShuangyong。‘LiuXiaohong SuJingping。MaZhongyou。SunLinjhag。LuBaiguan3 1TianjinRiceResearchInstitute，Tianjin，300112；2CollegeofLifeScience，ChmaWestNormalUniversity,Nanchong，637002；3LianyungangA- c~emyofAgriculturalScineces，Lianyungang，222003 Correspondingauthor,ysyls6@sina．corn Abstract Therearelragenumbersofsinglenucleotidepolymorphismsinplantgenome，SOtheuseofSNPmrak- elSinplantisincreasingna dbecomingmoresignificna t，suchasingenemapping，map—basedcloningofgenes， marker—assistedbreedingetc．Th emodelplantsArabidopsisnadRicehavefinishedcompletegenomesequencesha twoEcotypesnadvarieties．Th ereraealotofEST sequencescomefrom differentvarietiesortissuesordevelop phasesha mna yplnats．ManySNPdatabseshavebeenbulidbasedonthecompletedgenomeesquencesorhteEST seqencesbymeansofbioinofrmatics．ItSconveniencetodevelop SNP—baesdmrakersuesinghtesedatabases．So wesummarizedhtebioinformaticsresourcesforSNP findingnadhteSNP adatbasesha plna t，na ddiscusesdhte mehtodsnadsottwaresaboutConvertingSNPsintoCAPSordCAPSmrakersha htispaper． Keywords Singlenucleotidepolymorphisms，SNPadatbase，CAPS 单核 苷酸 多态 性 (singlenucleotidepolymer． a1．，2004)。SNP在 LD作 图 (1inkag