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植物DNA条形码技术培训班（第二期） 标准基因的选择与序列标准 标准基因的选择与序列标准 高连明 项目负责人：高连明 副研究员 gaolm@mail.kib.ac.cn 李德铢 研究员 2010年8月13 日 承担单位：中科院昆明植物所 云南 昆明 植物总DNA提取的提取规范 植物总DNA提取方法 • 常规方法 CTAB法、SDS法和高盐低PH法等 • 试剂盒法： 膜吸附法和磁珠法（可与工作站结合）； • 超速离心法 植物总DNA 的提取和保存的技术规范 植物总DNA 的提取和保存的技术规范 总DNA保存前的纯化处理 多糖、蛋白质等的去除 酚类物质的去除 RNA的去除 植物总DNA 的检测规范 凝胶电胶检测 分光光度法检测 酶消化法检测 PCR扩增检测 植物总DNA 的检测规范 分光光度计(仪)检测: （1）在紫外光下检测总DNA样品在A230 ， A260和A280 的光吸收值； （2 ）计算A260/A280 的比值，推算总DNA的 纯度和浓度； 植物总DNA 质量标准 （1）总DNA大小不小于10kb； （2 ）总DNA的吸光值(A260/A280)不低于1.7,不大 于2.0 ； （3 ）琼脂糖凝胶电泳检测总DNA时具有明亮单一的 条带； （4 ）总DNA用内切酶消化时电胶得到弥散的 DNA； （5）总DNA可直接用于下游的PCR扩增反应； 植物总DNA 保存的技术规范 （1）植物总DNA最好以干粉状态保存，如保存总DNA液体， 其保存缓冲液的PH值为8.0为佳； （2 ）总DNA的吸光值(A260/A280)不低于1.7,不大于2.0 ； （3 ）保存DNA溶液时,总DNA的浓度不少于100ng/ul； （4 ）总DNA溶液的PH值为8.0左右； （5）保存条件为低温保存佳（-80 ºC或液氮保存，无条件的 也可在-20 ºC保存） （6）植物总DNA保存避免经常冻溶； DNA条形码的选择 DNA条形码的选择 对于所有类群：（2 + X） 2 = rbcL、matK X = “第3 barcode”, 如trnH-psb A或ITS 对于特定类群，如真菌、地衣（ITS, CO1） 苔藓等 （rbcL、matK和trnH-psb A） Universality 6/7 regions gave 90% atpF-H success in angiosperms in rpoB directly comparable trials rpoC1 4/7 regions (atpF-H, matK, psbK-I, rpoB) psbK-I showed low success in gymnosperms and/or cryptogams