基因组序列与DNA序列分析.pdf

7.91/7.36/BE.409 讲稿一 2004 年 2 月20 日 基因组序列和 DNA 序列分析 Chris Burge 什么是基因组 基因组不是装蛋白的袋子 什么是人类基因组？ 第二单元要点 DNA/RNA 序列分析 阅读* 2/24 基因组测序和 DNA 序列分析 M 第 3 章 2/26 DNA 序列比对 M 第 7 章 3/2 DNA Motif 的发现与构建 M 第 4 章 3/4 DNA 的马尔可夫和隐马尔可夫模型 M 第 4 章 3/9 DNA 序列进化 M 第 6 章 3/11 RNA 序列分析和应用程序 M 第 5 章 3/16 文献讨论 TBA * M = Mount, “Bioinformatic : Sequence and Genome Analy i ” 教师的反馈 过去几年的例子： 滑稽的字体显得很蠢 Burge 使用了太多的基因组学术语 Yaffe 和 Burge 的章节应该有更好的配合 向学生提问，学生回答，但是答案却听不懂 DNA 与蛋白质序列分析 蛋白质序列分析 DNA 序列分析 - 强调化学性质 - 强调调控规则 - 蛋白质结构 -RNA 结构 - 到处都用到选择 - 信号与噪音 （统计学） - 多学列比对 - otif 发现 - 比较蛋白组学 - 比较基因组学 - 数据：O （10^8 ）氨基酸残基 - 数据： （10^10 ）碱基 参考概率与统计理论教材 基因组测序和 DNA 序列分析 • 基因组学术语 • 鸟枪法测序 - 进展：基因组 , 转录组 , 等等 . • DNA 序列比对 I - 如何选择错配罚分 • 比较基因组学例子 -Pip aker, 系统发生投影 最近媒体关注