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双序列比对线性间算法的研究
摘要
摘要
序列比对是生物信息学中一种基本的信息处理问题,对于发现核酸和蛋白质
序列上的功能、结构以及进化信息具有非常重要的意义。随着生物序列数据库中
序列数据的激增,设计出能够处理大规模运算的并行算法就显得非常迫切。本文
研究了生物信息学中的双序列比对及其并行算法,主要研究工作和取得的成果如
卜^:
算法不仅提升了时间性能,并且保持了线性的空间复杂度。
2.为了提升FA算法(Fast
了非递归算法,非递归FA算法进一步提高了时间性能,也同时保持了线性的空间
复杂度。
本文给出了改进算法的实验设计和分析。实验表明,其运算效率较原算法均
有所提高,为生物信息学的研究及实践提供进一步的支持。
关键词:双序列比对并行算法非递归线性空间
2 双序列比对线性空间算法的研究
Abstract
in 1s
informationproblem
Seauence isabasic disposal
aligment
inDNAand
information
evolutionary
for fur]Lctional,structural,and
useful
discovering
in
of databiologysequence
increase
the sequence
rapid
proteinsequences.With
with
todeal
to efficient algorithms
is design parallelization
database,itveryexigent
and
ofbioinformatics
algorithms
e alignment
compuLtation.Pairwise
large-scall
and
this mainwork
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