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双序列比对算法究与并行优化
摘要
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摘要 Y2238429
双序列比对是生物信息处理中最基本的问题，是生物信息学重要的研究内容。
评价q三物序列比对算法有两个标准，一是算法的运算速度，二是获得最佳比对结
果的敏感性。随着生物学数据的大量积累，对序列比对算法对运算速度提出了更
高的要求，开发高效率的算法成为双序列比对研究中的瓶颈问题。
据动态规划思想计算得分矩阵，第二步由得分矩阵回溯得到最优比对。理论上分
流水线技术，利用多线程分行计算得分矩阵。为减少线程问的交互时间，在计算
得分矩阵过程中采用分块技术。
并行优化算法时间丌销减小，得到较高的加速比。
关键词：双序列比对并行多核体系结构流水线
双序列比对算法研究与并行优化
Abstract
anda study
mostfundamental veryimportant
Pairwise isthe problem
Alignment
tor
toevaluate sequence
aretwostandards algorithm
Darrtinbioinformatics．There
isthe of
the theother sensitivity
isthe of
ali2nment：one speed algorithm，and
operation
a dealof put
accumulationof biologicaldata，people
alignment the great
output．As
this
ofthe way,to
for．the algorithm．In
a operationspeed
f-0rward
higherrequirement
inthe ofPairwise
thebottleneckstudy
becomes
efficiencyalgorithm
develophigh
Alignment。
isthe inPairwise
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