转录组测序与EST-SSR引物开发.pptVIP

转录组测序及EST-SSR引物开发 转录组测序基本原理 种子无菌苗的制备 1.种子灭菌 2.培养基配置（MS或1/2MS，控制好PH值） 3.无菌苗培育（丛生芽诱导、丛生芽增殖） 先暗培养，种子发芽后进行光照培养 样品需求量（单次）：≥20ug ；样品浓度≥ 250ng/uL EST-SSR引物开发 原始序列数据 ↓ Clean reads ↓ Unigenes组装 ↓ Unigenes SSR分析 ←质控、数据过滤 EST：Expressed Sequence Tags，即表达序列标签，指从 cDNA 文库中随机挑取单克隆测序所获得的序列片段，序列长度一般约为 60-500bp，由于 cDNA 的 5’端或 3’端的有限序列可特异性地代表一个基因，故称为“表达序列标签”。 特点：EST作为表达基因所在区域的分子标签，因编码 DNA 序列高度保守而具有自身的特殊性质，与来自非表达序列的标记（如RAPD、SSR、AFLP 等）相比，更有可能突破家系与种的限制。因此，EST 标记在亲缘关系较远的物种间具有更重要的意义。 (1)转录组序列SSR位点的查找与引物设计； (2)SSR标记引物的设计和评价； (3)SSR-PCR反应体系的优化和引物筛选； (4)进行遗传多样性和群体遗传学分析; 杜仲EST-SSR引物开发及遗传多样性研究 1.自主开发了杜仲 SSR 引物 设计合成 了114 对引物，其中13 对引物多态性高、稳定性好 2.检测了杜仲 SSR 位点的遗传多样性 通过等位基因、有效等位基因数、期望杂合度和观测杂合度等参数来表明杜仲受到遗传漂变、突变、迁移和选择等进化因子的干扰从而说明杜仲受到了自然选择、近交、人工选择等诸多因素的影响。 3.对种群的遗传结构和聚类结果进行分析，获得群落间的亲缘关系 EST-SSR 标记技术在植物学研究中的应用 1.EST-SSR 在种间属内的通用性很好 2.EST-SSR可用于种子资源遗传多样性研究 3.EST-SSR可用于遗传连锁图谱的构建