蛋白质分析与蛋白质组学精要.ppt

（三）Rosetta Stone方法的应用 潜力大：利用Rosetta Stone方法，在大肠杆菌中已经发现一共有6,809种潜在的蛋白质间相互作用，而在酵母中共有45,502种。 实验验证：有效的研究蛋白质间相互作用的高通量的实验技术 。 五、Rosentta Stone方法 数据库技术和相关的分析软件, 是蛋白质组的研究不可缺少的信息学手段, 可用于这些数据的存储、管理与分析。 六、蛋白质组学分析软件与数据库 （一）常用的蛋白质组分析工具 1. 蛋白质表达分布图数据库 2. 蛋白质组图谱自动识别软件包 3. 其他常用方法（如多序列对位排列和结构排列等） 六、蛋白质组学分析软件与数据库 （二）蛋白质组学分析相关软件 大规模蛋白质组分析过程主要包括：样品制备、图像分析、蛋白质成分的分析与鉴定，其分析的关键技术蛋白质鉴定包括有图像分析、微量测序、肽段氨基酸组分分析和质谱分析等。 六、蛋白质组学分析软件与数据库 （三）蛋白质组分析数据库 蛋白质组数据库包含各种已鉴定的蛋白质信息，如蛋白质序列、核苷酸序列、双向凝胶电泳图谱、蛋白质三维结构、翻译后修饰、基因组及代谢数据库等。 在蛋白序列数据库的基础上，研究人员进一步开发了基于数据库的检索程序。 六、蛋白质组学分析软件与数据库 （四）质谱信息查询和蛋白鉴定软件 在质谱信息分析流程中，一个关键步骤是将肽段质谱图与数据库中的理论质谱图进行比较，根据相似性计分从数据库中寻找最可能的蛋白质序列。 依肽段质谱信息进行数据库查询和蛋白质鉴定的常用软件有：PepSea、Sequest、PeptIdent/ MultiIdent等。 六、蛋白质组学分析软件与数据库 ExPASy Proteomics tools http://www.expasy.ch/tools/#proteome 生物信息学在蛋白质组学应用主要包括：构建与分析双向凝胶电泳图谱；蛋白质数据库的建立和有哪些信誉好的足球投注网站；蛋白质结构与功能预测；蛋白质预测分析软件的开发与应用等。 蛋白质组学在人类疾病中的大规模运用，为发掘新的疾病相关生物标志物和揭示疾病发生、转移及耐药机制，为疾病的早期诊断、靶向治疗、新药开发和疫苗研制提供了重要的理论基础。 小 结 简述蛋白质、蛋白质组、蛋白质组学和功能蛋白质组学的定义。 名词解释：MALDI TOF MS，肽质量指纹谱，蛋白质翻译后修饰 鉴定蛋白质翻译后修饰的重要方法是 （A）双向电泳 （B）质谱 （C） 蛋白质芯片技术 蛋白质组学的主要研究领域和目标是什么？ 简述双向电泳的基本原理及操作步骤。 试述蛋白质芯片技术的原理及其应用前景。 试述蛋白质功能预测的思路及一般流程。 常用蛋白质组学数据库获取与分析的技术有哪些？ 试述蛋白质相互作用的研究方法。 试述蛋白质组学理论与技术对临床医学的意义。 习 题 （一）蛋白质物理特性的预测基于蛋白质的一级氨基酸序列 从蛋白质序列出发，可以预测出蛋白质的许多物理性质，包括等电点、分子量、酶切特性、疏水性、电荷分布等。 相关工具有：Compute pI/Mw，PeptideMass，TGREASE，SAPS等。 三、蛋白质分析软件与数据库 （二）蛋白质二级结构预测以已知三维结构和二级结构的蛋白质为依据 二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件。不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性，这构成了进行二级结构预测的基础。 二级结构预测常用方法有：nnPredict，PredictProtein，SOPMA，COILS，TMpred，SignalP等。 三、蛋白质分析软件与数据库 （三）蛋白质三级结构预测是最复杂和最困难的预测技术 蛋白质结构预测最终是要从蛋白质的氨基酸序列预测出其三维空间结构。由于蛋白质的折叠过程仍然不十分明了，从理论上解决蛋白质折叠的问题仍较困难。 有一定作用的三维结构预测方法最常见的是“同源模建”和“Threading”方法。 三、蛋白质分析软件与数据库 （四）蛋白质功能预测主要根据序列预测功能 思路及一般流程为： 通过相似序列的数据库比对确定功能。 确定序列特性，如疏水性、跨膜螺旋和前导序列等。 通过序列模体数据库等的比对确定功能，查未知序列是否包含保守序列模体。 查对有哪些信誉好的足球投注网站Prosite等数据库最终预测蛋白质功能。 三、蛋白质分析软件与数据库 （五）蛋白质分析有很多其他非在线软件包工具 除了在线分析工具之外，尚有很多非在线的蛋白质分析软件包工具得以开发 如：AnthePro ，PSAAM，VHMPT，MPEx等。 三、蛋白质分析软件与数据库 （六）常用蛋白质一次序列数