拟南芥SDIR1基因转录选择性剪接.pdfVIP

云 南 植 物 研 究 2010，32(2)：141～146 ActaBotanicaYunnanica DOI：10．3724／SP．J．1143．2010．09239 拟南芥SDIR1基因转录的选择性剪接 武晓璐，汤晓倩，于丽霞，姚有林 ，鄢 波 (西南林学 院园林学 院，云南 昆明 650224) 摘要 ：采用 PCR及 RT—PCR法分别克隆了拟南芥SDIR1基 因的DNA和 cDNA序列 。根据序列 比对分析 结果 ，发现了 3种不同的转录本 ，提示 SDIR1基 因的转录 中存在选择性剪接 。3种转录本 的长度分别为 822bp、691bp和 666bp，依次命名为 ：SDIR1—822、SDIR1—691、SDIRI一666。与SDIR1基 因的DNA序 列及 已报道的SDIRIcDNA序列比较，除转录本 SDIR1—822包含了完整的编码序列外，其余 2种转录本的 编码序列都存在不 同长度 的缺失 。其 中，SDIR1—691缺失了 131bp的片段 ：第 2外显子 3端缺失 33bp， 第 3外显子 53bp全部缺失，第4外显子5端缺失45bp；转录本SDIR1—666缺失了156bp的片段 ：第 3 外显子 3端缺失 18bp，第 4外显子 5端缺失 138bp。进而随机挑取 101个克隆子对三种转录本 的表达比 例进行初步分析 ，结果表明3种分子的比值为 SDIR1—822：SDIR1—691：SDIR1—666— 26．O0：1．33：1．OO， 反映出SDIR1基因不同转录本在拟南芥中的相对表达量。 关键词 ：SDIR1基因；选择性剪接 ；拟南芥 中图分类号 ：Q 78 文献标识码 ：A 文章编号 ：0253—2700(2010)02—141一O6 AlternativeSplicingofSDIR1Genein Arabidopsisthaliana (Cruciferae) WU Xiao—Lu，TANG Xiao—Qian，YU Li—Xia，YAO YOU—Lin，YAN Bo” (Faculty0fLandscapeArchitecture；SouthwestForestryCo11ege，Kunming650224，China) Abstract：SequencesofDNA andcDNA ofSDIR1genein ArabidopsisthalianawereisolatedbyusingPCR andRT—PCR．ThealignmentresultshowedthattherewerethreedifferenttranscriptsinArabidopsisthaliana， which indicatedthattherewerealternativesplicingpneumoniainthetranscriptionofSDIR1gene．Thelength ofthreetranscriptswere822bp，691bpand666bp，respectively，andwerenamedasSDIRl一822，sDIRl_ 691and SDⅡ 1—666subsequently．ComparedwiththereportedsequencesofDNA andcDNA in Arabidopsis thaliana，SDIR1—822containedintactcodingdomain，whiletheothersmissedsomenucleotidesincodingdo— main．5D侬 1—691missed131bpwhichcontained33bpinthe3 endofthesecondexon，53 bp ofallthe thirdexonand45bpinthe5 endofthefourthexon．SD j666missed156bpwhichcontained18bpinthe 3 endofthethirdexonand138bpinthe5 end