4-石蜡切片组织DNA抽提-26Aug2011.pptVIP

- * - ANNUAL BUSINESS REVIEW 石蜡组织切片DNA抽提 庄建立/ Jerry Zhuang 厦门艾德生物医药科技有限公司 2011.08.26 概览 EGFR 突变检测申请 样品处理 DNA 抽提 DNA 定量（质控） EGFR突变检测 病理学评估 ARMS DNA测序 内容 1、样品处理 2、DNA抽提 EGFR 突变检测申请 样品处理 DNA 抽提 DNA 定量（质控） EGFR突变检测 病理学评估 ARMS DNA测序 样品处理 存放位置, 使用情况, 是否返还 样品移交记录（实验室间） LIMS (实验室信息管理系统) Microsoft Excel or Access 手写记录 组织蜡块 切片 病理学评估 DNA 实验/数据 DNA抽提前 福尔马林固定石蜡包埋组织(FF-PET) 病理学评估 确认肿瘤细胞数大于50 3. DNA 抽提 福尔马林固定石蜡包埋组织 需要可靠的DNA抽提方法 受破坏DNA（固定步骤） 降低DNA 得率 后续分析困难 DNA抽提方法 商业试剂盒 vs. 实验室固有方法 一般，DNA质量越高的方法，DNA得率越低。 需要样品量：4~5cm2?5μm 试剂盒 实验室固有方法 质控情况 经过质控 可能有内部质控 方便性 方便 不方便 成本 高 低 DNA质量 取决于方法 Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit 订购方便 已质控试剂盒 DNA得率相对较高 QIAamp DNA FFPE Tissue Kit Procedure 石蜡组织切片DNA提取：实验原理 二甲苯QIAgen DNA试剂盒： 蛋白酶K：消化与DNA结合的组蛋白 关键点： 二甲苯：溶解并去除石蜡 DNA吸附柱：有效快速收集DNA，有效减少PCR反应抑制剂对后续实验的影响 通过二甲苯的去蜡以及蛋白酶K使DNA从石蜡组织中裂解释放，并通过DNA吸附柱有效提取DNA 1.石蜡组织切片收集 及鉴定 2.组织切片刮取 3.去除石蜡 4.裂解消化DNA 5.吸附柱收集DNA 每个样本以约4~5cm2?5μm的石蜡组织切片量为宜，每张片子应由病理医生进行病理鉴定，并圈出肿瘤区域 使用一次性解剖刀从组织片中刮取石蜡组织至离心管中，尽量防止组织碎片飞散造成交叉污染 通过蛋白酶K消化组蛋白,消化裂解过夜。（至少加入20μL蛋白酶K，若组织量比较多，可适当提高加入蛋白酶K的量，使组织能够完全裂解） 使用QIAgen吸附柱收集 石蜡组织切片DNA提取步骤 向含有石蜡组织的离心管中加入二甲苯，通过二甲苯溶解石蜡并去除，再用无水乙醇去除二甲苯。 使用二甲苯脱蜡，去蜡更完全 该方法优点 采用QIAgen吸附柱有效快速收集DNA，减少PCR抑制剂影响 控制交叉污染 必须严格控制样品间交叉污染 一个样品用一个解剖刀片 实验前后清洁工作区 经常换手套 无PCR产物区域 Thanks！ The following slides give an overview of the mutation request process, sample handling and in particular tracking, and DNA extraction from FF-PET tumour samples. * This is a typical journey for a tumour sample in our labs when tumour mutation analysis is required. Samples are received, often as blocks but sometimes as sections. The blocks are sectioned into several sub-samples, all of which have to be tracked, one of which will be used for HE analysis, some for DNA extraction and often some for other analysis like IHC, FISH or RNA extraction. We need to track the location of all the samples through t