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第1章 生物化学基础
1、一句话问题
生命形式虽然千差万别,在就化学本质而言,他们具有一致性。
生命体区别于非生命体的四个基本特征。
有机体遵行热力学第一定律,通过增大环境的无序而使得自身有序化。
生命体的信息流基本类同。
根据SSU RNA序列细胞分为三类,细菌、古细菌和真核细胞。古细菌与真核细胞更接近。
线粒体和叶绿体是通过内共生进入真核细胞。线粒体来源于紫细菌,叶绿体来源于蓝细菌。
细胞与细胞器--超分子复合体 大分子--单体
生物分子结构决定反应性、结构决定功能、结构也代表一种信息。
细胞内是一个水环境,水为细胞内生化反应提供了反应介质,甚至直接参与反应。
第2章 氨基酸与肽
概念
蛋白氨基酸:参与蛋白质组成的20种氨基酸。
非蛋白氨基酸:不参与蛋白质的组成的氨基酸。
兼性离子 :既有带负电荷基团,又有带正电荷基团的离子称为兼性离子或两性离子,亦称偶极离子。
pI (等电点):在一定PH值时,氨基酸以兼性离子形式存在,此时该离子所带的静电荷为零,在电场中不会向正负极移动,此时溶液的PH称为该离子的等电点。不同结构的两性离子有不同的等电点。
pI= 1/2 (pK1’ +pK2’)
酸性Aa pI= 1/2(pK1’ +pKR’)
碱性Aa pI= 1/2(pK2’ +pKR’)
Paralogues 并系同源物:一个个体中既有一定关系却又不相同的蛋白质。
orthologues 直系同源物:具有相同功能的蛋白质
写出20中氨基酸的三字母和单字母缩写,哪些属于酸性,哪些属于碱性,哪些含羟基,哪些含硫元素。
(1)中性氨基酸:
1、glycine 甘氨酸 Gly G 2、alanine 丙氨酸 Ala A
3、valine 缬氨酸 Val V 4、leucine 亮氨酸 Leu L
5、isoleucine 异亮氨酸 Ile I
(2)含羟基或巯基氨基酸
6、 serine 丝氨酸 Ser S 7、threcnine 苏氨酸 Thr T
8、 cysteine 半胱氨酸 Cys C 9、methionine 甲硫氨酸 Met M
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(3)酸性氨基酸及其酰胺
10、aspartate 天冬氨酸 Asp D 11、glutamate 谷氨酸 Glu E
12、ASPARAGINE 天冬酰胺 Asn N 13、glutamine 谷氨酰胺 Gln Q
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(4)碱性氨基酸
14、lysine 赖氨酸 Lys K 15、arginine 精氨酸 Arg R
16、histidine 组氨酸 His H 17、proline 脯氨酸 Pro P
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(5)芳香族氨基酸
18、phenylalenine 苯丙氨酸 Phe P 19、tyrosine 酪氨酸 Tyr Y
20、tryptophan 色氨酸 Trp W
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氨基的化学反应:
◆与茚三酮 (ninhydrin) 的反应 定量反应
◆与亚硝酸的反应 Van Slyke定氮
◆与2,4-二硝基氟苯 (FDNB) 的反应 测序
◆与甲醛的反应 氨基滴定
◆与酰化基的反应 氨基保护基
◆与二甲基氨基萘磺酰氯 (DNS-Cl)的反应 测序
◆与荧光胺的反应 微量检测
◆与Edman试剂 (苯异硫氰酸酯)反应 测序
与茚三酮反应:氨基酸脱羧脱氨被氧化,水合茚三酮被还原,氧化型和还原型的水合茚三酮与氨反应生成二酮茚-二酮茚胺的取代盐等蓝紫色化合物。
二甲基氨基萘磺酰氯 (DNS-Cl,Dansyl chloride),目前用于蛋白质微量测序的主要试剂。 4-(N,N-二甲基氨基)偶氮苯-4‘-磺酸氯 ?Dabsyl chloride
什么是sanger反应
在弱碱性溶液中,
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