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FlowJo软件的简单介绍和基本应用 FlowJo是九十年代美国斯坦福大学Leonard Herzenberg（FACS机器的发明者）实验室研发的一款流式数据分析软件。这款分析软件功能强大，操作简单，易学易用，可在Windows或者Mac系统下安装使用。它简单直观的操作平台，已被领域内的科学家、实验室广泛使用。同时，他也是各期刊杂志引用最多的流式数据分析软件。 FlowJo电脑配置及安装环境 PC: 操作系统：Vista、Windows7 内存：512MB RAM及以上 MAC: 操作系统：OSX 10.3 或更高版本 内存：512MB RAM及以上 安装环境：避免阳光直射，水平放置，远离水源、热源 FlowJo基本功能介绍 1.阶梯式设门： 将细胞群之间的逻辑关系用简单、递进的阶梯式去呈现，一改传统复杂的逻辑门设置。并可以自定义细胞群名称，进而直观的显示细胞群统计值，让分析结果一目了然。如图 2.多种图像显示方法及显示类型： 显示方法：它可以呈现为一维的直方图，二维图及三维立体图。如图 一维图 二维图 三维图 显示类型:除了传统使用的散点图外，还有密度图，等高图，伪色图，斑马图等。如图 3..多种设门工具： 设门是流式数据分析中界定细胞目标群的必要手段，不管检测的目标细胞群是规则分布还是不规则分布的，是小概率事件还是集体事件，都可以很方便的界定各种细胞群。如图 蜘蛛门 四分门 矩形门、椭圆门、自动门 4.多种分析平台及工具： 特殊的分析平台：细胞周期，细胞增殖，钙离子流量，反向设门等。 独特的分析工具：门的批处理，样品的荧光补偿。 5.灵活方便的数据导出： 无论是图形数据还是表格数据都可以用Ofice软件、Powerpoint或直接打印，输出的表格数据可保存为HTML，SQL等格式。 FlowJo的基本应用： 1.单标样本的分析方法： 双击桌面Flowjo软件图标，进入软件工作台。软件工作台由菜单栏、工具栏、组空间和样本空间组成（见图1）。将要分析的数据组拖至组空间中，单击选中分析组（3 color comp），此时在样本空间里便会显示分析组里的所有样本。然后双击样本空间中的样品（Cy5PE.fcs），出现图形窗口（以二维点图的形式，见图二）。 图一 图二 X轴选择SSC（侧向散射），Y轴选择FSC（前向散射），然后选择设门工具（矩形门、椭圆门、多边形门、自动门）中任一种。如图三，用椭圆门选中要分析的细胞群。在图形窗口中双击选中的细胞群，生成新的图形窗口。在X轴选择CD4，Y轴选择Histogram ，选择设门工具（区域门、双分门）中任意一个，在单参数直方图中设门。双分门设门如图四，左边区域为CD4阴性细胞，右边为CD4阳性细胞（见图五）。 图三 图四 图五 2.图形的输出和保存： a.在单参数图上点击鼠标右键选择复制图片，可以吧图片粘贴到Word、Excel、PPT中。 b.在图形分析窗口菜单栏中选择“文件”并单击，选择下拉菜单中的“另存为”，选择保存位置、命名文件名称以及文件保存类型。 c.在Flowjo工作台单击打开布局编辑器，在样本空间中把CD4细胞的节点拖入布局编辑器中，在布局编辑器中点击保存按钮，在弹出的对话框中选择保存的路径，名称及图片格式。如图六、七所示： 图六 图七 3.多色样本的分析方法： 打开分析软件，将要分析的数据拖至工作台。在样本空间中双击要分析的样本，出现图形窗口，显示为二维点图。X轴选择FSC，Y轴选择SSC。然后选择多边形设门工具，在点图中选中要分析的细胞群(如图八)，双击门出现图形窗口，X轴选择CD3，Y轴选择FSC。使用矩形门选中CD3阳性细胞群，并命名为T细胞。双击T细胞门，出现图形窗口，在X轴选择CD4，Y轴选择CD8，使用十字门设门（如图九），其中Q1区域为:CD8+，Q2区域为: CD8+/ CD4+，Q3区域为: CD4+，Q4区域为：CD8-/ CD4-，见图十。 图八 图九