circos-中文教程.doc

Circos 中文教程 前言 最近在用Circos画一些典型的基因组物理图，也在适当的用circos的这种展示方式来表示一些其他的联系，比如遗传图谱marker之间的关系、遗传图谱与物理图谱的对应关系等。所以感觉一步步的把circos的英文教程翻译出来，是对自己的一个锻炼也方便与大家一起交流。废话不多说了，开始吧！！！ 目录结构与配置 1.1 Unix VS windows 如果你在安装perl或者一些模块时有困难，你可以使用网上的一些资源来解释如何去下载perl，如何去在Linux、Mac OS X和Windows上工作以及如何去安装模块。如果你任然有困难，你可以把你的问题提交到Circos group。 需要去安装模块吗？去了解模块安装指导和Windows 用户教程。 关于libgd和GD模块有困难？去了解Perl libgd/GD 教程或者Paulo Nuins? Installing Circos on Mac OS X. 需要在Windows上运行Bash shell 批处理文件吗？你将需要安装一个 UNIX 命令行shell，比如Cygwin。 被错误困住?一个好的策略是去在Google上有哪些信誉好的足球投注网站错误信息（比如说mkdir 权限问题）。 想去更多学习perl吗？试试这个网站?。 UNIX VS WINDOWS 要运行Circos，你需要Perl. Perl是一个解释性语言，这意味着你不需要去编译Circos来运行它。Perl代码是可执行的，这涉及到解释、编译、运行。 Circos已经被设计成适合UNIX用户：没有用户界面，文本配置和命令行工具。Windows用户刚开始将发现有些不适应，但是相对来说很快就能熟悉。这部分的教程包含安装，配置，和Perl模块讨论Circos 使用在UNIX和Windows上的差异。 你不必去知道Perl怎么运行Circos，你只需要去熟悉： 目录和文件的概念 在命令行下切换目录 在命令行下创建和删除目录 相对路径和绝对路径的概念 不熟悉DOS命令行的Windows用户应该阅读下面的这些教程。 Windows command line tutorial Windows command line prompt in 15 minutes Perl 安装 Windows用户应该不熟悉Perl。这没什么好担心的，仅仅像是你安装过的其他应用程序一样。你必须在DOS命令行下使用它，但是这很快就能学会。 UNIX 默认是安装了Perl的，除非你的系统很古老（用perl –v去显示你的Perl版本，如果低于5.8，那么该更新了），那你已经拥有了一个最近的版本。 Windows用户应该安装?Strawberry Perl?或者?ActiveState Perl。两者都有包管理器它可以帮助你安装，更新和卸载模块。如何可能的话，使用管理器去取代CPAN shell来安装模块。细节可以去用看?Perl and Modules section。 CIRCOS安装 UNIX用户可以用tar来解压Circos（比如tar xvfz circos-0.54.tar.gz）。Windows 用户应该使用Windows内置的解压软件或者免费的工具像7-Zip或者其他的WinRAR或者WinZip来解压。你将需要首先将文件解压成.tar，再抽取其中的文件。 Circos 安装的细节在?Distribution and Installation?部分。 在命令行中，你需要去想下面的参数来运行perl和使用circos脚本 perl bin\circos -conf tutorials\2\2\circos.conf Windows可能不知道该去如何处理bin\circos?文件 Circos教程在一个分开的包里你需要去另外下载。 路径分隔符 Windows使用?\?作为目录分隔符，但是UNIX 使用?/。 在教程中将使用UNIX的习惯。所以当你看到下面的格式： tutorials/2/2/circos.conf 配置 因为UNIX和Windows的目录结构不一样，所以你可能需要去调整教程例子的输出路径。例如，在UNIX上 /tmp 被用作一个临时目录（可以创建临时文件比如教程图片）。在Windows上这种目录是不存在的。 你可以用-outputdir?和?-outputfile?参数来重新定义输出的目录和文件。 # 在windows上可以这样执行 perl bin\circos -conf tutorials\2\2\circos.conf -outputdir . -outputfile tutorial_image.png 细节可以看?Runtime Parameters section。 批处理文件 在有些工具和教程的目录中