关于RefSeq：NCBI参考序列.docVIP

关于RefSeq：NCBI参考序列 ? NCBI的参考序列计划（RefSeq）将为中心法则中自然存在的分子，从染色体到mRNA到蛋白提供参考序列标准。RefSeq标准为人类基因组的功能注解提供一个基础。它们为突变分析，基因表达研究，和多态发现提供一个稳定的参考点。 范围：目前，RefSeq记录为下列分子类型和基因组提供： 分子? 登录格式?????? 基因组 Complete Genome NC_###### Archaea, Bacterial, Organelle, Virus, Viroid 完整基因组 NC_######? 原核生物，细菌，细胞器，病毒，疫苗 Complete Chromosome?? NC_######?? Eukaryote? 完整染色体? NC_######??? 真核生物 Complete Sequence? NC_###### ?Plasmid? 完整序列 NC_######?? 质粒 Genomic Contig????? NT_###### Homo sapiens? 基因组Contig???? NT_###### 人类 mRNA? NM_######? Limited Vertebrate，Homo sapiens，Musmusculus，Rattus norvegicus mRNA?? NM_######???? ?有限的脊椎动物，人类，小鼠，大鼠。 Protein? ?NP_######?? ?All of the above? 蛋白? NP_######? 所有以上的 脊椎动物mRNA/蛋白构建步骤： RefSeq记录通过以下步骤创建： 确定代表不同基因的序列 建立正确的基因名字到登录号的联系 确定完整范围的可以获得的序列数据 创建一个新的有以下状态的参考序列(RefSeq)记录 预测的 临时的 临时的RefSeq记录被一个生物学家再检查，他确定一开始的名字到序列的关联，加上一些包括基因功能概要的信息，更重要的是用其他可获得的GenBank记录来更正，重新注解，或扩充序列数据。预测的，临时的和检查过的RefSeq记录通过NCBI Entrez检索系统，BLAST数据库，FTP，和LocusLink网站让公众获得。 最近发表的文章 1. Introducing RefSeq and LocusLink: curated human genome resources at the NCBI. Pruitt KD, Katz KS, Sicotte H, Maglott DR Trends Genet. 2000 Jan;16(1):44-47. 2. NCBIs LocusLink and RefSeq Maglott DR, Katz KS, Sicotte H, Pruitt KD Nucleic Acids Res 2000 Jan 1;28(1):126-128 FAQ 什么是参考序列？ NCBI 参考序列计划提供了校正的序列数据和相关的信息，给同行提供使用的标准。GenBank是一个序列的存储池，RefSeq数据库将是一个参考序列的非冗余 集合，包括构建的基因组contig，mRNA，蛋白，和，在未来，整个染色体。RefSeq记录是有三种可以获得的状态：预测的，临时的和检查过的。检 查过的记录代表了我们目前关于一个基因和它的转录子的知识的汇编。在检查的过程中，我们整合了更多的信息，只要是可以获得，如序列数据，发表物，命名，和 特征注解，都来自于很多GenBank记录，人类基因组命名委员会，和OMIM。 The initial release of RefSeq records includes human mRNA and protein reference sequences. The current scope is limited to human sequences but other organisms will be added in the future. 最开始的RefSeq记录版本包括人类mRNA和蛋白参考序列。目前的范围只局限于人类序列，但是其他物种的将在未来加入。 我如何引用RefSeq记录？ 引用RefSeq登录号和LocusID以及RefSeq网页（/LocusLink /refseq.html）是恰当地。特定的使用RefSeq网页的引用格式依据你文章将发表的刊物的编辑方法而定。可以参考这个网站，列出了许多电子文件引用指南：/I/training /citation/citing.htm。 我如何访问RefSeq记录？ RefSeq记录可以通过各种NCBI资源来访问，包括： BLAST?? NM_######记录是在核苷酸