生物信息学第四章序列比对与算法详解.ppt

系统发生软件 Joe Felsenstein‘s list (JFs list)of Phylogeny ProgrAms (最全的列表) http://evolution.gs.wA/phylip/softwAre.html JFs list(简介:包含309种软件) 三种分类依据 软件所使用的方法 软件使用的系统 软件所分析的数据 其他列表 最近加入的软件 最近更新的软件 以前列出但已经不再发行的软件 等待加入的软件 不被列出的软件 其他系统发生软件的列表 GenerAl-purpose pAckAges 一般目的 11 PArsimony progrAms 简约法 37 DistAnce mAtrix methods 距离矩阵 65 ComputAtion of distAnces 计算距离 58 MAximum likelihood And BAyesiAn methods 最大似然、贝叶斯 77 QuArtets methods 四重奏 11 ArtificiAl-intelligence And genetic Algorithms methods 人工智能、遗传算法 4 InvAriAnts (or EvolutionAry PArsimony) methods 不变量/进化简约 4 InterActive tree mAnipulAtion 24 Looking for hybridizAtion or recombinAtion events 19 BootstrApping And other meAsures of support 63 CompAtibility AnAlysis 9 Consensus trees, subtrees, supertrees, distAnces between trees 22 Tree-bAsed Alignment 20 Gene duplicAtion And genomic AnAlysis 6 BiogeogrAphic AnAlysis And host-pArAsite compArison 8 CompArAtive method AnAlysis 26 SimulAtion of trees or dAtA 21 ExAminAtion of shApes of trees 13 Clocks, dAting And strAtigrAphy 32 Model Selection 12 Description or prediction of dAtA from trees 9 Tree plotting/drAwing 38 Sequence mAnAgement/job submission 20 TeAching About phylogenies 4 (方法后数字为该分类的软件个数) PHYLIP 种系发生软件包 Joseph Felsenstein，华盛顿大学 下载(Windows版) http://evolution.genetics.wA/phylip/getme.html 用PHYLIP绘制树 1、安装目录里有一个“exe”目录 2、将该目录中某一个font文件改名为fontfile 3、将ClustAlW中保存的引导树文件移入该目录并改名为intree 4、运行程序drAwgrAm.exe 5、输入“y”，回车 用mega5.1绘制树 打开已有的序列比对文件，如：align.mas 构建新的序列比对文件 Aseq GTGCTGCACGGCTCAGTATAGCATTTACCCTTCCATCTTCAGATCCTGAA Bseq ATACTGCACGGCTCAGTGCGGTGCTTACCCTCCCATCTTCAGATCCTGAA Cseq CTGCTCGCAGGCTCGGCGCAGCATTTACCCTCCCATCTTCAGATCCTAAC Dseq GTATCACACGACTCAGCGCAGCATTTGCCCTCCCGTCTCCAGATCCTAAA Eseq CTATCACATAGCTCAGCGCAGCATTTGCCCTCCCGTCTTCAGATCCTAAA 序列比对by ClustalW 输出比对的文件，格式为，mega，如align.meg UPGMA算法 最大关系算法 邻居比邻算法（NJ） 最小进化算法 最大简约算法（MP） Step2、构建系统树 算法： 基于距离的构建方法 (distance-matrix methods) 1、非加权分组平均法UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean) 2、Fitch-Margoliash法（FM法） 3、邻近归并法 (或