第六生物进化与分子系统发育分析精要.ppt

例 已知dl,d2,d3,d4是4个物种的DNA序列，请根据这四段序列分别用PHYLIP软件包中的邻接法构建进化树： d1：AAC d2：AAT d3：GGC d4: GGT d5: GGG 1)用ClustalX进行序列比对。 （1）去/网站下载ClustalX软件。 （2）安装ClustalX软件。 （3）新建1.txt文件，输入序列，保存。 （4）使用软件分析序列，生成1.phy文件。 2）使用PHYLIP软件包处理数据 （1）在/phylip.html下载PHYLIP软件包。 （2）将1.phy文件拷贝入软件包的exe文件夹。 （3）依次使用seqboot、dnadist、 neighnor、consense软件处理数据，最后共生成两个文件outfile和outtree。Outfile是分析结果的输出报告，可用记事本打开，outtree可用treeview打开。 3）用TreeView软件画图。 (1)确认计算机已安装打印机驱动程序； (2)http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html进入treeView软件网页 (3)下载与你的操作系统相应的treeView程序。 (4)安装。“treev32. zip”文件夹解压缩后打开，双击“SETUP. EXE”,安装软件。 画图：①单击屏幕“开始”中的“所有程序”中的“TreeView，’； ②单击“File”下的“Open”，找到2)步骤中保存的“outtree”文档； ③打开文档得到进化树的图，并可选择树的类型及编辑图，之后可进一步在“File菜单中选择“Save as graphic将进化树存为“．wmf或“．emf图片文档 可免费登录的相关网站 美国加州大学berkeley分校的进化生物学网站 http：//evolution. berkeley. edu/ 美国科学院进化生物学资源 http：//nationalacademies. org/evolution/ PHYLIP软件网站 http：//evolution. genetics. washington. edu/phylip. html 法国巴斯德研究所PHYLIP软件在线服务 http：//bioweb.pasteur.fr/seqanal/phylogeny/phylip-uk.html 作业 1.有哪些信誉好的足球投注网站人、鲨鱼、鲤鱼、牛、大猩猩的血红蛋白氨基酸序列，进行比对，使用PHYLIP软件构建进化树研究他们的进化关系。 2.在模式生物：酵母、秀丽隐杆线虫、果蝇、海胆、斑马鱼、非洲爪蟾、小鼠、拟南芥、水稻和人类中有哪些信誉好的足球投注网站是否存在细胞色素C（蛋白质）的氨基酸序列，如果有就对其进行比对并构建进化树。 3.交作业时间：2015年5月27日12：00前发送作业到li40mm@126.com。文件名：××0513信息学作业.zip（所有文件压缩成一个文件） 微生物的分类依据 形态特征 （1）个体形态　镜检细胞形状、大小、排列，革兰氏染色反应，运动性，鞭毛位置、数目，芽孢有无、形状和部位，荚膜，细胞内含物；放线菌和真菌的菌丝结构，孢子丝、孢子囊或孢子穗的形状和结构，孢子的形状、大小、颜色及表面特征等。 培养特征 1）在固体培养基平板上的菌落（colony）和斜面上的菌苔（lawn）性状（形状、光泽、透明度、颜色、质地等）； 2）在半固体培养基中穿刺接种培养的生长情况； 3）在液体培养基中混浊程度，液面有无菌膜、菌环，管底有无絮状沉淀，培养液颜色等。 生理生化特征 生态习性 血清学反应 噬菌反应 细胞壁成分 红外吸收光谱 GC含量 DNA杂合率 核糖体核糖酸（rRNA ）相关度 rRNA的碱基顺序 核糖体蛋白的组成分析 　② 传统进化论认为进化量(即生物种系在一段时间内的性状演变总量）是渐进变异逐渐积累的总和，线系渐变是进化的主流；间断平衡论则认为虽然渐变也可造成变异，并积累形成新种，但其在总变异量中所占份额很小，种形成才是进化的主流。 　③间断平衡论强调变异的随机性和地理隔离对种形成的必要性。它认为形成新种的原料是个体突变，突变是无定向的。只要对适应无害(中性) ，就可能闯过自然选择这一关而有可能形成新种。它又强调大多数新种是从父种地理分区边缘上被隔离的孤立小种群中形成的，因为在这孤立种群中产生的突变，不致因基因交流而失去特性，其中多数虽被淘汰，少数仍能被选择保留下来而形成新种。 南方古猿（400万年前）脑量400毫升 直立人（50万年前）脑量900毫升 现代人脑量1400毫升 古猿 直立人 500毫升/350万年/20年一代=0.003毫升/代 新灾变论 新灾变论（neocatastrophism）为OHSch