第二生物信息学资源精要.ppt

提纲: 提纲: 模式生物基因组计划 酵母、线虫、果蝇、细菌、拟南芥等共约50多种已完成，70余种正在进行。目前总量已达60亿碱基对！ Escherichia coli大肠杆菌 Saccharomyces cerevisiae酿酒酵母 秀丽线虫Caenorhabditis elegans一种透明的、生活在海滩泥沙中的小虫。 Drosophila melanogaster果蝇 Arabidopsis thaliana拟南芥 Oryza sativa水稻 提纲: 主要的数据库资源 核酸序列数据库主要有GenBank, EMBL, DDBJ等. 蛋白质序列数据库主要有SWISS-PROT, PIR, TrEMBL等， 蛋白结构数据库有PDB, MMDB等， 与基因组有关的数据库还有dbEST, OMIM等， 3大核酸数据库 基因组数据库的相关背景。 主要的基因组数据库资源。 重点介绍GenBank 基因组数据库的发展历史 DNA序列数据库最早于1982年在欧洲分子生物学实验室诞生，随即就开始了一个数据库爆炸的时代。 此后不久因一项美国国家健康研究中心与洛斯阿拉莫斯国家实验室的合同而诞生了GenBank。 日本的DNA数据库（DDBJ），在几年后加入了数据收集的合作。 基因组数据库的发展历史 1988年一次三方会议之后（现在称之为“国际DNA序列数据库合作计划”）达成协议，对数据库的记录采用共同的格式 现在三个中心都收集直接提交的数据，并在三者之间发布。 三大基因数据库 GenbankGenbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。NCBI的网址是：。 EMBL核酸序列数据库由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护的核酸序列数据构成，查询检索可以通过通过因特网上的序列提取系统(SRS)服务完成。数据库网址是：http://www.ebi.ac.uk/embl/。 DDBJ数据库日本DNA数据仓库(DDBJ)也是一个全面的核酸序列数据库，与Genbank和EMBL核酸库合作交换数据。使用其主页上提供的SRS工具进行数据检索和序列分析。DDBJ的网址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/。 GenBank/ 提纲: 主要的数据库资源 核酸序列数据库主要有GenBank, EMBL, DDBJ等. 蛋白质序列数据库主要有SWISS-PROT, PIR, TrEMBL等， 蛋白结构数据库有PDB, MMDB等， 与基因组有关的数据库还有dbEST, OMIM等， 主要的数据库资源 核酸序列数据库主要有GenBank, EMBL, DDBJ等. 蛋白质序列数据库主要有SWISS-PROT, PIR, TrEMBL等， 蛋白结构数据库有PDB, MMDB等， 与基因组有关的数据库还有dbEST, OMIM等， 提纲: GenBank Public free Available via Internet EMBL Data Library DDBJ (DNA Data Bank of Japan) 三大基因数据库之间的关系 / http://www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.html http://www.ebi.ac.uk/embl/ 美国的核酸数据库GenBank〖Banson,D.A. et al. (1998) Nucleic Acids Res. 26, 1-7〗从1979年开始建设，1982年正式运行； 欧洲分子生物学实验室的EMBL数据库也于1982年开始服务 日本于1984年开始建立国家级的核酸数据库DDBJ，并于1987年正式服务。 / http://www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.html http://www.ebi.ac.uk/embl/ 模式生物测序 3大核酸数据库 蛋白质数据库 蛋白质数据库 60年代“蛋白质信息资源”(Protein Information Resource，简称PIR)雏形产生 1984年，“蛋白质信息资源”(Protein Information Resource，简称PIR)计划正式启动，蛋白质序列数据库PIR也因此而诞生。 1988年，美国的NBRF、日本的国际蛋白质信息数据库JIPID和德国的慕尼黑蛋白质序列信息中心MIPS合作成立了国际蛋白质信息中心(PIR-International)，共同收集和维护蛋白质序列数据库PIR。 除了PIR外，另一个重要的蛋白质序列数据库则是SwissProt。 该数据库