实验一_常用生物信息学数据库的_..docVIP

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2017-06-07 发布于重庆
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实验一_常用生物信息学数据库的_.

实验一常用生物信息学数据库的使用掌握序列检索的操作方法；熟悉GenBank数据库序列格式及其主要字段的含义；了解EMBL数据库序列格式及其主要字段的含义；熟悉GenBank数据库序列格式的FASTA序列格式显示与保存；Bursaphelenchus xylophilus 18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S 黑腹果蝇 Drosophila melanogaster COII COI NADH 黄花石斛 Dendrobium densiflorum 18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S 古尼虫草 Cordycepsgunnii 18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S 蝉花 Cordyceps sobolifera 18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S 蛹虫草 Cordyceps militaris 18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S 冬虫夏草 Cordyceps sinensis 18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S 啤酒酵母 Saccharomyces cerevisiae COII 枯草杆菌 Bacillus subtilis 16S 大肠杆菌 Escherichia coli 16S 23S 大豆疫霉菌 Phytophthora sojae COII COI NADH ITS1-5.8S-ITS2 辣椒疫霉 Phytophthora capsici ITS1-5.8S-ITS2 致病疫霉 Phytophthora infestans ITS1-5.8S-ITS2 五、实验步骤：打开NCBI网站的主页，然后点击Genebank，进入到Genebank 的界面，然后点击网页上端Search后面的基本检索输入框选择所要查询的数据库，然后在后面一个方框中输入所查询的核苷酸序列的相关的关键词，点击检索按钮。进入对应的核苷酸序列子库界面，点击目标核苷酸序列子库。根据子库中提供的各条序列的注释及各自的GenBank收录号，寻找自己查找的目标序列，点击目标序列的GenBank收录号，进入目标核苷酸序列界面。点击所需要的目标核苷酸序列的GenBank收录号就可以得到我们想要的核苷酸序列，然后将它们拷贝下来。六、实验要求：每个人必须至少查找3个种，5条核苷酸序列。必须写明查找到的核苷酸序列以及各条核苷酸序列的GenBank收录号-LOCUS，基因注释-DEFINITION，文章的作者AUTHORS，文章题目-TITLE，文章所发表的期刊-JOURNAL。七、实验结果：查找的核苷酸序列基本情况表序号物种名称基因名称 Genbank号序列长度 1 古尼虫草 18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S JN054403 894 bp 2 冬虫夏草 18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S HM596011 530 bp 3 黄花石斛 18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S HQ114254 711 bp 4 啤酒酵母 COII AJ966733 585 bp 5 黑腹果蝇 NADH Y09069 459 bp