中国家驴研究MSTN进展资料.ppt

6.中型驴成对的SNP的连锁不平衡检测 Locus g229 g1323 g2014 g3460 g3472 g3655 g3732 g229 g1323 - g2014 - - g3460 - - + g3472 - - - - g3655 - - - - - g3732 - + - - - - g3831 - + + - - - + Pair (2, 7) Exact P=0.0009 Chi-sq 10.613**B Pair (2, 8) Exact P=0.0000 Chi-sq 21.553***B Pair (3, 4) Exact P=0.0418 Chi-sq 0.087 Pair (4, 8) Exact P=0.0000 Chi-sq 0.586 Pair (7, 8) Exact P=0.0102 Chi-sq 13.576**B 7.小型驴成对的SNP的连锁不平衡检测 Locus g229 g1323 g2014 g2302 g3472 g3655 g3732 g229 g1323 - g2014 - - g2302 - - - g3472 - - - - g3655 - - - - - g3732 - - - + - - g3831 - + - - - - - Pair (4, 7) Exact P=0.0000 Chi-sq 6.899** Pair (2, 8) Exact P=0.0003 Chi-sq 11.146***B 8. 3种体型 Fst 检验分析 Fst 值 明显的＞0.15，群体之间为高度分化。但是，P值检测不显著说明可能与人工选择压力。 Population pair FST P-Value L S 0.18919 0.20721+-0.0470 M S 0.54955 0.48649+-0.0433 M L 0.34234 0.42342+-0.0408 9. 3种体型家驴的AMOVA分析 种群内个体的差异显著高于群体间， P=0.27859，差异不显著，说明群体内遗传差异不大，可能与群体间存在不同程度的基因交流有关。 10. 家驴外显子区域遗传多样性指数比较（1128bp） Tajima’s D值均为负值，偏离中性选择，同时计算得到该区域的Ka/Ks=0,提示在该区域可能受到纯净化选择。 11.群体扩张 核苷酸不配对分析（Rogers，1992）和Fs中性检验（Fu，1997）两种手段进行分析。Tajima‘s D值为负，P＞0.05，显著偏离中性， 同时，Fs值检测为P＜0.05，表明3种体型的家驴曾经经历过群体扩张。 三：结 论 ⑴首次测定得到家驴的MSTN基因全序长度为6175bp。 ⑵遗传多样性分析提示，中型驴的分化很有可能与小型驴和大型驴的杂交有关。 （3）次要等位基因频率分析以及杂合度的分析显示： 在g2014, g2302，g3460, g3655，g3732位点中，对区分大型驴和小型驴具有一定参考价值，同时，也为不同体型肌肉性状表型提供价值。 （4）中国家驴群体历史分析显示： 各类型组 Fst值都＞ 0.15，提示了家驴品种间存在高度分化，这可能与人工选择压力相关。 （5）AMOVA分析结果表明： 种群内的遗传变异不显著及不同体型的家驴存在单倍型的同享，说明不同体型家驴之间可能存在一定的基因的交流，该结果与已有的家驴起源结果相符。 （6）不同体型的家驴单倍型以及群体扩张研究结论： 家驴在不同时期经历过群体的扩张事件，间接的支持陈桂俊用线粒体研究关于中国家驴的群体扩张的结论。 谢 谢 大 家！ 肌肉生长抑制素(MSTN)又称GDF-8,属TGF-β超家族,是1997年发现的一种骨骼肌生长发育的负调控因子。其活性的丧失或降低,会引起动物肌肉的过度发育,表现为双肌性状。 * 双肌的现象主要体现在除具有肌肉纤维数量的增加或肌肉的过度肥大的双肌特征之外，还包括很多组织学、生理学等动物的遗传性特征。目前，肌生成抑制素的突变是导致具有双肌性状的决定性基因，因此也有人将MSTN基因称做“双肌基因” 斯蒂芬尼亚(2010)：对欧洲16个品种的396匹马进行了MSTN基因的比较研究，发现启动子区域的两个SNP位点对于马的体重有很大的影响。 埃米琳 (2010)：对148匹24个品种的赛马的MSTN基因进行比较研究发现内含子1上的1个SNP对