生物分析软件介绍重点.ppt

生物分析软件 GeneDoc GenDoc界面 DNAman界面 DNAstar GeneQuest：帮助查找和注释DNA序列中的基因和其他特征序列，包括ORFs，剪接位点，转录因子结合位点，重复序列和酶切位点等。 Clustalx Phylip Mega5 序列比对、同源性分析及做生成树分析 如上的软件几乎都能实现以上的目标 DNAman、 Phylip和Mega5比较适合我们 Clustalx更多的是辅助其它软件实现分析 NCBI(GenBank) 网址： Expasy: 蛋白质主要数据库之一 网址： / SCOP数据库：蛋白质结构分类数据库 网址：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ 生物秀论坛：很多分享软件操作的帖子 网址：/ 生物信息学论坛：专一于生物信息学论坛网址：/ 生物信息学天空：前沿进展学术会议 网址：/ 设置参数：根据情况选择Bootstrap这里选200 与Phylip软件一样 计算特点 计算完毕后得出进化树 数值代表 bootstrap值 4后续处理：为达到发表文章的要求 可以粘贴图片 比较 两个建树软件基本方法相似 1 Mega5较简便，Phylip输出分析文件 2 Mega5树直接可看出bootstrap 3 数据库 论坛 * * 是蛋白质和DNA序列同源比较的辅助软件 功能 优点 缺点 输出各种漂亮图形格式比对视觉效果好 不能对多个序列以某种算法进行比较 功能 DNAman ①DNA和蛋白质序列的编辑 ②DNA序列文件格式的转换 ③多序列同源性比对及分析 ④DNA序列的拼接及分析 ⑤蛋白质理化特性分析二级结构预测 序列编辑 比对分析 结构预测 同源分析 组成部分 EditSeq：计算用来将DNA或蛋白质序列的数据输入计算机的工具，同时还具有编辑已有序列的功能 EditSeq：可识别FASTA, Genbank, ABI, GCG以及ASCII Text文件，同时也支持键盘输入和直接从自动序列分析图谱上读取序列。 MapDraw：酶切图谱分析，克隆实验设计，分析及处理实验结果等。同时还具有绘制质粒图谱的功能。 MegAlign：存在6种算法对DNA或蛋白质序列进行同源比 较，且能很快输出进化树和进化距离等数据。 Protean：分析和预测蛋白质结构，提供各种分析方法并以图形的格式输出结果，显示蛋白质分子的各种理化特性以及例如抗原决定族等功能区的预测功能。 PrimerSelect ： 设计PCR引物、测序引物和探针 SeqMan II：多序列拼接。 剪切、粘贴序列以更改比对顺序 可以选择序列的子集进行比对 可以对子排列进行重排进行重新比对 质量分析，对残基及低分值以高亮显示 功能 功能：用于做进化树进行分析 特点：程序运行具有顺序性命令窗口运行 方法：距离方法和基于字符的方法 功能 编辑序列数据 序列比对 构建系统发育树 推测物种 间的进化距离等 总结 用Clustalx进行序列比对 1 软件认知： multiple alignment mode （多序列比对） Profile alignment mode （概型比对） 比对模型： 7个菜单两个模块 多序比对步骤： 1序列载入：识别fasta格式及.seq序列格式 FASTA格式（又称为Pearson格式），用文本表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码，且允许在序列前添加序列名及注释 。 例如：M._mulatta AAGCTTTTCT GGCGCAACCA TCCTCATGAT TGCTCACGGA CTCACCTCTT 2编辑序列：可执行如下操作 序列剪切与粘贴，选定序列，选定与所有序列，清楚选定，有哪些信誉好的足球投注网站字串，移除序列空位，仅移除选定序列空位 3参数设置：根据具体情况选择 Alignment Parameters Multiple Alignment Parameters 4完全比对：DO Complete Aligement .aln 序列比对文件用于构造系统发育树 .dnd是导树文件 5后续分析：可读性不好需要借助其它软件分析 可用着色软件进行处理,如： Boxshade,ESPript 用Phylip生成进化树 Phylip软件构建系统发生树 2 软件认知： 是个软件包，程序运行具有顺序性，以命令的方式运行。 默认infile为输入文件outfile、outtree、plotfile为输出文件 前一个程序输出文件为下个程序的输入文件（out