class10.ppt

5、基因搜寻研究 （1）查找新的水稻低温胁迫相关基因1个 （2）查找新的水稻根特异表达基因1个 （3）查找新的大豆根瘤特异表达基因1个。 最低要求：分析这些基因的表达特性，分子特性，判断是否已经有过报道。 * 6、GO enrichment 和 Pathway分析 (1)从GEO数据库中查找水稻低温胁迫处理的芯片数据; (2)从GEO数据库中查找水稻干旱胁迫处理的芯片数据; (3)从GEO数据库中查找水稻病原菌处理的芯片数据; * 最低要求：挖掘上下调基因(2倍），进行GO富集和pathway分析，对结果进行解释和讨论。 Microarray ID number in the input box. Step2: Enter the gene ID numbers. Step3: View results. Expression during rice development. Step3: View results. Step3: View results. The treatments Step3: View results. 其他重要功能： 其他重要功能： 其他重要功能： 查找花药特异表达基因 其他重要功能： 查找稻瘟病诱导表达基因 其他重要功能： 查找水稻萌发期特异表达基因 其他重要功能： 基因表达的聚类分析 Rice Array Database Rice Array Database Co-expression Analysis 从大量的表达谱数据中挖掘共表达的基因 聚类分析(Cluster Analysis) 2. 指定一个基因, 从数据库中寻找与之表达谱最相似的其他基因 (基于基因芯片数据) Why co-expression Analysis 挖掘共表达的基因, 推测种子基因参与的信号通路或代谢途径; 研究某个实验下的共表达基因(聚类分析), 对共表达基因进行建模和功能注释; 对一个基因家族进行共表达分析,研究进化以及功能冗余. Co-expression方法 Website: Genevestigator (for multiple organisms) RiceArray (only for rice, free) CoP (for Arabidopsis, rice, soybean, wheat….free) CORNET (for Arabidopsis, free) Prime (for Arabidopsis, free) Rice Coexpression Analysis Rice Coexpression Analysis Co-expression network 说明: Genevestigator能够识别的基因编号 其他重要功能： 其他重要功能： 查找花药特异表达基因 其他重要功能： 查找稻瘟病诱导表达基因 总结和建议: 利用现有的大量的microarray以及转录组测序数据进行感兴趣的基因表达分析, 设计未来的实验工作. 重点推荐GEO和Genevestigator; 从数据中挖掘某些关键基因, 进行功能分析; 通过共表达分析, 探讨你的基因参与的代谢网络; 通过对基因家族的分析, 寻找可能功能冗余的基因. 设计进一步的实验. 提供了18个选题，每3人一个小组共同完成，12月26日下午每个组选择1名同学作为代表进行ppt汇报，现场打分，打分成绩作为所有小组成员的共同成绩。 将工作过程做成word格式上交（不超过6页，请正反打印）。 汇报ppt时应说明每个组员的贡献。 关于考试： 考试内容 1、基因家族分析 （1）分析小麦SPL家族； （2）分析水稻SPL家族； （3）分析大豆SPL家族。 最低要求：鉴定出所有成员，分析domain组成，多序列比对，绘制系统发生树等并讨论。 * 2、启动子分析 （1）分析拟南芥STZ基因的启动子； （2）分析水稻ZFP182基因的启动子； （3）分析大豆SCOF-1基因的启动子。 最低要求：鉴定出TSS之前的启动子序列，分析启动子中的可能元件，预测基因的表达。 * 3、分子特性分析 （1）分析拟南芥STZ的特性； （2）分析水稻ZFP182的特性； （3）分析大豆SCOF-1特性。 最低要求：详细分析上述基因的分子特性，包括分子量，pI，motif, domain, 亚细胞定位，多序列比对，基因表达水平(GEO）等。 * 4、基因表达水平研究 （1）分析拟南芥STZ基因的表达； （2）分析水稻ZFP182基因的表达； （3）分析大豆SCOF-1基因的表达。 最低要求：利用Genevestigator详细分析上述基因的组织表达和胁迫诱导表达等特性，找出它们的正向和负向共表达基因, 分析这些共表达基因的表达特性