厦门大学本科生基础创新科研基金申请书.doc

厦 门 大 学 基础创新科研基金（本科生项目） 申 请 书 项 目 名 称 多物种多聚腺苷化位点的 在线识别平台研发 项 目 编 号 　　　　　 申 请 人 　_　 陈功　　　　 ___ 所 在 学 院 信息科学与技术学院 专 业 年 级 　 计算机类一年级 联 系 电 话 　　 电 子 邮 件 2762825873@ 　 导 师 姓 名 吉国力　　 _ 导 师 职 称 教授、博导 　　 起 止 年 限 2014/7 – 2016/7 填 写 日 期 　　　 ______ 厦门大学教务处制 2012年1月6日 学 院 信息科学与技术学院 项目名称 多物种多聚腺苷化位点的在线识别平台研发 项目负责人 姓名 陈功 学号 22920132203736 院系 计算机类 专业 计算机类 年级 大一 邮箱 2762825873@ 手机电话 项目组成员 学生姓名 性别 出生年月 学院/系别 所在专业/年级 学号 签字 陈功 男 1996/12 信科/计算机类 计算机类/1班 22920132203736 冯双全 男 信科/计算机类 计算机类/1班 22920132203763 陈盛泉 男 1995/11 信科/计算机类 计算机类/1班 22920132203748 陈若晗 男 信科/计算机类 计算机类/1班 22920132203747 洪赓 男 信科/计算机类 计算机类/1班 22920132203773 指导教师 姓名 吉国力 出生年月 职称/学位 教授、博导 研究方向 联系电话邮箱 glji@ 导师组 姓名 职称/学位 研究方向 联系电话 邮箱 一、前期基础（500字以内） 吉老师的科研团队目前已发表有关植物多聚腺苷化位点识别的SCI论文14篇（相关研究论文见附件）。 目前对于植物多聚腺苷化位点识别已经在GHMM位点识别模型的基础上开发出poly(A)位点识别软件(Poly(A) Site Sleuth，PASS）。使用PASS可以很有效地识别植物基因的潜在poly(A)位点，辅助生物人员进行实验分析，很大程度地提高了后期实验的效率以及方便了生物技术人员的操作。PASS可以方便地实现数据的导入导出、位点识别计算、输出识别结果、绘制分值图、敏感度指定度的计算、曲线图的描绘以及中英双语界面切换等等。 然而目前的多聚腺苷化位点识别平台为软件版，由于C/S的可拓展性较差，对以后生物信息分析平台的拓展和功能的多样化产生了较大的限制。并且当前的多聚腺苷化位点识别软件仅限于对拟南芥的位点识别，对于其他的植物物种还不能进行有效的位点识别，在使用范围上有很大限制。 二、项目实施思路（2000字以内） 1．研究意义 本项目构建一个多物种多聚腺苷化位点的预测分析在线平台，能够有效识别基因潜在的多聚腺苷化位点，辅助生物实验数据分析，目的是促进位点分析与识别研究的发展。 2．研究目标、主要内容、成效 研究目标： 本项目将研发一个Web在线多物种多聚腺苷化位点识别平台，使其能适应水稻等多种植物物种的多聚腺苷化位点识别。努力使该多聚腺苷化位点识别平台的使用范围更广，具有更高的科研应用价值，为生物科学的研究提供帮助。 改进基于广义马尔科夫位点识别模型识别算法，提高位点识别效率和准确性。 借助B/S的比较强的可拓展性，为以后研究的进一步扩展，生物信息分析平台功能的多样化提供良好的基础。 主要内容： 学习生物信息学中有关mRNA转录中多聚腺苷化的过程 研究预测识别多聚腺苷化位点所需的生物数学建模和分析算法 利用C++，perl，及LAMP开发环境进行平台的开发、构建和维护 成效： （1）本项目将研发一个Web在线多物种多聚腺苷化位点识别平台，使其能适应水稻等多种植物物种的多聚腺苷化位点识别，并通过改进基于广义马尔科夫位点识别模型算法，提高位点识别效率和准确性。本项目将努力使该多聚腺苷化位点识别平台的使用范围更广，具有更高的科研应用价值，为生物科学的研究提供帮助。同时借助B/S的比较强的可拓展性，为以后研究的进一步扩展，生物信息分析平台功能的多样化提供良好的基础。（2）发表一篇SCI论文。 3．研究方案 查找相关资料，学习生物信息学知识，主要是m-RNA转录过程中关于多聚腺苷化的方面