微生物分类研究现状及典型菌群分析讲述.ppt

第10章 微生 物 分类研究概况 主要内容 微生物分类的目的和意义 原核生物的分类系统和典型菌群 极端微生物和古菌 真菌的分类及典型菌群 病毒（自学） 一、微生物分类的目的意义 分类学的根本任务是建立物种的系统，这需要基于大量的已知特征的生物个体，而且这些个体应有一个公认的名称，这个系统也为新分离种的确定及新物种的发现提供指导。 微生物分类学(microbial taxonomy)：是一门按微生物的亲缘关系把它们安排成条理清楚的各种分类单位（单元）或分类群(taxon)的科学。 分类：宏观的战略工作鉴定：微观的战术性工作命名：开拓性的创新工作 二、原核生物的分类系统和典型菌群 （一）原核生物分类中采用的分类单位 主要分类单位 次要分类单位 界 Kingdom 门 Division 亚门 纲 Class 亚纲 目 Order 亚目 科 Family 亚科 属 Genus 亚属 种 Species 亚种 关于“属（Genus)” 属是种的高一级分类阶元，通常包含具有某些共同特征或关系密切的种。Goodfellow和O’Donnell（1993）认为DNA的G+C mol%差异≤10%~12%及16S rRNA的序列同源性≥95%的种可归为一个属。 种和属是一个物种所必须具有的属性，一个生物个体的名称则是属名加种的形容词。 关于“种（Species）”的几点说明 种：凡是与典型培养菌（type culture）密切相同的其它培养菌统一起来区分为细菌的一个种。 (伯杰氏手册) type strain, type species 种是分类等级的基本单元，在概念上有下列认识： 1987年国际细菌分类委员会颁布，表观特征高度相似，DNA同源性≥70%的菌群可定为一个种。 1994年Embley和Stackebrandt认为当16S rRNA的序列同源性≥97%时可认为是一个种，但多相分类研究认为一个种的确定不应只依据一个单一的标准。 亚种以下的几个分类名词 菌型（form）曾用作菌株的同义词，现已废除，仅作若干变异型的后缀。如噬菌体变异型Phagovar、血清变异型Serovar、生物变异型Biovar、形态变异型Morphovar、致病变异型Pathovar等 菌群（group）两种微生物及介于它们之间的一些过渡类型的菌种，具有某些共同性状。如大肠菌群包括大肠杆菌、产气肠细菌及它们之间的过渡类型 菌 株（品系） 一种微生物的每一不同来源的纯培养物Pure culture或纯分离物Pure isolate都可称为某菌种的一个菌株 物种遗传多态性的客观反映 强调遗传型纯的谱系 菌株与克隆概念相通 不同菌株间大同小（生化性状、代谢产物）异 遗传型纯，当突变时需要重新标注新的菌株名称 菌株名称的标注 名称可随意确定：实验室、产地、特征，数字编号 菌株名称 菌株名称=属名+种的加词+菌株代号，菌株代号可随意用字母、符号、编号或字母加编号等自行决定 实例 大肠杆菌K12菌株 E. coli K12 E. coli O157:H7：致病性，抗原特征 Bacillus subtilis AS 1.398：产蛋白酶Bacillus subtilis BF 7658：α－淀粉酶 产黄青霉P. chrysogenum NRRL-Q176 两歧双歧杆菌Bifidobacterium bifidum ATCC 29521 模式菌株菌落、菌株、菌苔、斜面、菌种、培养物、克隆、分离物、纯培养物 （二）原核生物的分类系统 伯杰氏细菌分类系统 《伯杰氏细菌鉴定手册》是本系统的综合和标准，由美国微生物学会发起编写，最初指定David H. Bergey作为编委会主席，于1923年出版第一版，1994年出版了第九版。 手册依据表型将细菌划分为33群，将所有细菌归属为原核生物界，并分为4个门：薄壁菌门、厚壁菌门、软壁菌门、疵壁菌门 1999年由Geoge Garrity编辑出版了《伯杰氏系统细菌学手册》第二版，其分类系统完全按16S rRNA系统发育研究重新编排，分31部分，描述了869个属和492