Mapmaker作图软件使用演示概述.ppt

Mapmaker作图软件使用演示 主要内容 概述 数据预处理 mapmaker 3.0 的使用 使用WinQTLCart2.5作图 概述 Mapmaker是一种用于构建遗传连锁图谱并利用连锁图谱进行复合性状基因定位的交互式计算机软件。 它可以处理BC1回交、F2 和 F3(自交)杂交及重组近交系中显性、隐性和共显性(如类 RFLP)标记的多点连锁分析(根据原始数据自动估算所有的重组片段) 。 数据处理 将已经准备好的数据输出到一个文本文件os.txt中，保存后将原来的“.txt”格式改成“.raw” 表头照着原始文件“mouse.raw”改写就可以了。其中185表示子代个数，35表示遗传位点个数，symbols表示数量性状个数，没有可以用0表示。 mapmaker 3.0 的使用 1、prepare date os 该命令是对原始数据进行预处理 os就是以raw后缀结尾的数据文件，prepare date 可以简写为 pd 使用WinQTLCart2.5作图 * RI 数据：用“A”表示亲本基因型a 的纯合子；“B”表示亲本基因型 b的纯合子；“-”表示缺失数据。 F2 回交数据：用“A”表示纯合子“；H”表示杂合子“；-”表示缺失数据。 F2 杂交数据：用“A”表示这个位点来自亲本 a 纯合子；用“B”表示这个位点来自亲本 b 纯合子；用“H”表示携带a、b两个等位基因的纯合子；用“C”表示等位基因a 的非纯合子；用“D”表示等位基因 b 的非纯合子；“ -”表示缺失数据。 首先把下载的mapmaker 3.0 复制到C盘根目录下，然后单击 完成安装。点击 运行软件，出现下面的界面。 2、error detection 3、cent kosa 4、sequence all 所有的位点都参与连锁分析可使用命令:seq all 5、group 该命令是对指定的位点通过两点分析来推测可能有的连锁群 6、make chromosome c1 c2 c3 c4 c5 c6 7、sequence group 1 开始演示第一个group操作 8、anchor c1 可以看出有2 9 11 12 14 16 17 22 这些位点在chromosome1上 9、sequence {2 9 11 12 14 16} 对某连锁群内的位点需要确定相对位置之前需使用该命令 这个命令一次只能处理6个数据，所以不能把 17,22 输入到中，如果输入，将会造成程序退出！用纸记住后面几个数字，以免忘记！同时记住自己做到哪一步了 10、compare 该命令是对某个特定的序列计算最大似然值 ,并从大到小排出前 20 个(默认值)最优位点顺序图 11、sequence 11 14 16 12 2 9 12、try 17 某一连锁群内的各位点已确定最优顺序后进行作图前需使用该命令 13、sequence {17 11 14 16 12 2 9} 14、compare 15、seq 11 14 16 12 2 17 9 16、try 22 17、seq {22 11 14 16 12 2 17 9} 18、compare 19、seq 22 16 14 11 12 2 17 9 20、map 该命令是对指定的某连锁群最优位点的顺序排列进行作图 ,计算两两标记间的图距 ,单位为厘摩(cM) 21、framework c1 开始进行第二个group操作 1、sequence group 2 2、anchor c2 3、sequence { 3 6 7 18} 4、compare 5、sequence 7 6 18 3 6、map 7、framework c2 下面四个group也是按照同样的程序进行处理 seq group 3 anchor c3 sequence {} compare sequence map framework c3 由于第5组数据只有2个(19，28)，所以不用seq，直接anchor后就可以map seq group5 anchor map framework c5 quit 最后的退出命令 yes 退出后会生成后缀map结尾文件。 这个软件运行时间比较长，最好不要在运算同时运行其他大型程序，可能引起死机。 首先点击 打开软件， 然后点击import *