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MEGA 6 构建系统发育树 MEGA 全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 即分子进化遗传分析 MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。 下载网址：/ 分子进化分析介绍 分子进化研究的目的：从物种的一些分子特性出发，从而了解物种之间的生物系统发生的关系。 蛋白和核酸序列 通过序列同源性的比较进而了解基因的进化以及生物系统发生（即生物系统如何行使功能）的内在规律。 分子进化研究的基础 基本理论：在各种不同的发育谱系及足够大的进化时间尺度中，许多序列的进化速率几乎是恒定不变的。（分子钟理论， Molecular clock 1965 ） 实际情况：虽然很多时候仍然存在争议，但是分子进化确实能阐述一些生物系统发生的内在规律。 （用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的，才能真实反映进化过程。） 系统发生树 系统发生树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree）。以树的表现形式，描述被认为具有共同祖先的各物种间演化关系。 系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。 有根树反映了树上物种或基因的时间顺序，而无根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的祖先问题。 有根树与无根树 两个临近的分支的连接处称为节点（node） 表示推断祖先的现存类群在树最底部的分支点成为根节（root node） 分支（branches） 分类（taxa，the singular form is taxon) 一、参考序列选择原则： a，不选非培养(unclutured)微生物为参比； b，所选参考序列要正确，里面无错误碱基； c，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种； d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。 界 门 纲 目 科 属 种 二、序列比对 1、打开txt或fasta格式的序列 2、用ClustalW做多序列比对，比对结果输出为meg文件 MEGA只能打开meg格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，用.aln格式（Clustal的输出文件）转换.meg文件。 点File:Convert to MEGA Format，打开转换文件对话框，从目的文件夹中选文件，点击打开。 转换好的meg文件，会弹出一个提示信息，点击ok。 三、构建进化树 主菜单File:open a file打开比对结果.meg的文件,主窗口举例选择邻位相连法（Neighbor-joining）建树。 结果输出：这个过程所耗时间和序列的数量和长短成正比，程序就会产生一个树。 四、进化树的优化 1、利用该软件可得到不同树型 2、为了美观，也是为了满足发表文章的要求，需要对进化树进行树形、字体、字号的修改： 点击View，选择Options。弹出窗口中，在Tree标签中可以修改枝与枝之间的距离（Taxon Separation）、枝长（Branch Length）和树宽（Tree Width），调整至美观即可。Branch标签中，可以选择勾选“Hide values lower than %”，一般隐藏50%以下的数值。其他的参数可以自行研究，一般默认即可。点击主菜单栏里的Image，保存成.pdf等,这之后用其他软件编辑图片。即可更改字体字号再导成图片就可以了。 五、总结 构建系统进化树的一般原则1、可靠的待分析数据；2、准确的多序列比对；3、选择合适的建树方法：??? 序列相似程度高，MP最大简约性法（Maximum Parsimony methods）首选；??? 序列相似程度较低，距离法即除权配对法（UPGMAM）和邻位相连法（Neighbor-joining）；??? 其他，ML最大可能性法（Maximum Likelihood methods）一般采用两种及以上方法构建进化树，无显著区别可接受。 评估系统发育树: bootstrap，使构建的tree有统计上的意义。