Biochemistry串讲1.14概述.pptx

;;四种弱相互作用 Electrostatic interactions（静电作用） van der Waals interactions（范德华力）--距离 Hydrogen bonds（氢键） Hydrophobic interactions(疏水作用) 疏水作用： 水分子（极性），非极性分子相互作用，熵增。 ;20 Amino Acids--侧链基团 疏水氨基酸：Glycine(甘氨酸)，Alanine(丙氨酸)，Proline(脯氨酸)，Valine(缬氨酸)，Leucine(亮氨酸)，Isoleucine(异亮氨酸)，Methionine(甲硫氨酸)，Tryptophan(色氨酸)，Phenylalanine(苯丙氨酸) 极性氨基酸：Serine(丝氨酸)，Threonine(苏氨酸)，Tyrosine(酪氨酸)，Asparagine(天冬酰胺)，Glutamine(谷氨酰胺)，Cysteine(半胱氨酸) 带正电：Lysine(赖氨酸)，Arginine(精氨酸)，Histidine(组氨酸) 带负电：Aspartate(天冬氨酸)，Glutamate(谷氨酸) 分子量最大：色氨酸 分子量最小：甘氨酸 含硫氨基酸：甲硫氨酸（蛋氨酸），半胱氨酸;蛋白质结构;氨基酸等电点计算 Isoelectric point(pI) pH: (pK1+pK2)/2 +1 0 -1 ;蛋白质变性与复性 β-巯基乙醇(还原，破坏二硫键) 变性(denature)：破坏范德华力 复性(renature)：活性恢复 蛋白质折叠 成核集结模型(协同cooperative) 折叠漏斗 蛋白质修饰 共价修饰（磷酸化修饰）;Chapter 3 Exploring Proteins and Proteome;;免疫学手段分析蛋白 概念：抗体，抗原决定基，单克隆抗体，杂交瘤细胞 技术：ELISA(酶联免疫吸附)；western blot(杂交) indirect ELISA：检测抗体 sandwich ELISA：检测抗原 其他手段 质谱（测分子量），X衍射（晶体），NMR（溶液） PDB数据库 测序 Edman degradation ;DNA RNA 结构与连接方式 双螺旋(磷酸二酯键 ) 茎环 半保留复制实验验证—同位素标记 概念： Tm（解旋） 引物(primer) 退火(anneal) DNA聚合酶（纠错） 小RNA（snRNA，sRNA，siRNA，miRNA） 密码子简并性意义：降低有害突变风险 ;内含子—剪接体 exon shuffling(外显子重排) 新蛋白产生;Restriction-enzyme(限制性酶) 酶切位点：回文结构 (palindromic repeat) polymerase chain reaction(PCR) Strand separation(变性) Hybridization of primers（退火，annealing） DNA synthesis(复性，延伸) 指数扩增 Gene disruption (gene knockout, 基因敲除)—研究基因功能 ;Homology(同源性): 旁系同源(同一物种，不同分子) 直系同源(不同物种) 保守性取代 非保守性取代 同源性评价：替换矩阵—统计学（15~25） BLAST（序列分析） 结构同源 保守性高于 序列同源 趋异进化 趋同进化(没有同源性，进化出相同的活性中心);;Chapter 7 Hemoglobin: Portrait of a Protein in Action;Chapter 8 Enzymes: Basic Concepts and Kinetics;米氏方程的推导;Irreversible inhibitor(不可逆抑制剂) --Penicillin(青霉素) map the active site Reversible inhibition(可逆抑制) Competitive inhibition(竞争性抑制)：Km变大，Vmax不变 Uncompetitive inhibition(反竞争性抑制)：Km变小，Vmax变小 Noncompetitive inhibition(非竞争性抑制)：Km不变，Vmax变小 Suicide inhibitors：青霉素--糖肽转移酶 Catalytic antibodies：人工酶 transition-state analogs（可作抑制剂） 过渡态类似物诱导产生催化抗体 虽为人工，宛若天成 ;Covalent catalysis(共价催化) Ch