第三章生物信息学资源2方案.ppt

GenBank/ PubMed的特点 收录的文献多!!大部分生命科学相关 自动词语匹配 链接点多，部分在网上免费获得全文 也可以直接定购原文 二、检索规则 二、检索规则 期 刊 检 索 查找蛋白质序列: 查找EST序列: 查找Structure: 查找Structure: 查找Unigene UniGene is an experimental system for automatically partitioning GenBank sequences into a non-redundant set of gene-oriented clusters. Each UniGene cluster contains sequences that represent a unique gene, as well as related information such as the tissue types in which the gene has been expressed and map location. UniGene 是非冗余的某个基因的集合,包含了该基因所有的经过实验证明的转录本及其表达信息. * * 生物信息学 Bioinformatics 基本生物信息学工具的开发与应用 第九章 电子克隆的原理和应用 第八章 其他常用生物信息学工具 第七章 基因表达数据分析 第六章 系统发生分析 第五章 DNA和蛋白质序列分析 第四章 生物信息学数据库资源 第三章 生物信息学的生物学基础 第二章 生物信息学引论 第一章 名称 编号 第三章 生物信息学数据库资源 --数据库查询 复杂检索 限制字段类别 常用的有: author: Bao YM[au] Title: stress[ti] Tilte/Abstract： stress[title/abstract] date: 1999:2009[dp] 　　　　 复杂检索 布尔逻辑运算： AND、OR、NOT必须大写。 逻辑符的运算次序是从左至右，括号内的检索式可作为一个单元，优先运行。 布尔逻辑检索允许在检索词后面附加字段标识 例如：rice[ti] AND Bao YM[au] AND 2008:2009[dp] Question1: 如何查找由Zhu J实验室于2005以后发表的, 与水稻有关的文献. Question 2: 如：我要查找BaoYM在Nature或Science上发表的论文 1 Bao YM[au] AND (Nature[Journal] OR Science[Journal]) 2 Bao YM[au] AND Nature OR Science[Journal] 3 Bao YM[au] AND Nature[Journal] OR Science[Journal] 4 Bao YM[au] AND (Nature OR Science)[Journal] 哪一个检索语言是正确的? 在PubMed页面上选择Advanced Search: 在PubMed页面上选择Advanced Search: 在PubMed页面上选择Limits: 在PubMed页面上选择Limits: 如何获取GenBank中的序列? 同样存在限制字段: 常用的有: Author: Bao YM[au] title: SNARE[ti] organism: rice[organism] 或者直接输入: Accession: AY077725[Accession] Gene Name: ZFP15[Gene Name] Protein Name: ZFP15[Protein Name] 如: Bao YM[au] AND SNARE[ti] AND rice[organism] 如果没有限定，就是任意字段。 如何获取GenBank中的序列? Question: 从小鼠中查找Bao实验室发布的p53蛋白相关的DNA序列. 直接录入注册号查询: *